中医和西医有着本质的不同，其药理也天差地别。

先从科学体系上来说，西医背后是西方的还原论科学，它注重是实体；中医背后是东方的系统论科学，它注重的是关系。

再从对病因的认识上来说，西医以局部的细胞病变为病，发现了细胞病变，那就是有病，没有发现细胞病变，那就是没病。而中医的病因有内因和外因之分，整体的自然决定局部的人，由此得出疾病的外因是人与自然的矛盾激化；整体的环境决定局部的细胞，由此得出疾病的内因是不平衡引起的整体管理失控。

再从治疗方法来说，西医治病靠的是外力，用外力来杀死局部病变细胞就是西医的全部。中医治病靠的是整体的力量，因为按照整体决定局部的系统学规律，只要恢复了整体的管理，局部病变就会在整体力量的控制下改邪归正，恢复原有的功能，此时百病皆消。

再从治病原理来说，按照系统的控制学原理，平衡是秩序之本，失去了平衡，整体的管理就乱了，而疾病就是整体管理失控的一种结果；恢复了平衡，整体的管理就恢复了，疾病就好了。因此，中医的本质就是用中药之偏来平衡身体之偏。

再从对药的认识来说，西药是狭义的，它单指能够杀死局部病变细胞的化学制品。而中药有广义和狭义之分，广义来说，只要能纠偏，它都是中药。比如，气功，情志，推拿按摩，针灸，刮痧，拔罐，放血，磁疗，电疗，中药外治等。狭义来说，中药单指由植物、动物部件，和一些矿物组成的药物。

再从药理上来说，西药是用来杀死病变细胞的。而中药是用来恢复整体平衡的。西药是化学小分子，它的靶子是病变细胞。中药是生物大分子，它的靶子是细胞的营养通道。对于局部细胞功能亢进引起的病变，中医就用中药堵塞它的营养通道，砒霜就是起这个作用的，缺乏了营养，病变细胞就会受到控制；对于局部细胞功能低下引起的病变，中医就用中药疏通它的营养通道，得到的更多的营养，其功能就会增强。

西药起作用的是它的化学成分，而中药起作用的是它分解后水合离子的大小，因为中药分解后都会通过氢键和周围水分子进行连接，形成水分子团，而就是这个分子团的大小决定了药性。比如，同样是水分子，热水和冷水的药效不同，磁化水的药物也不同，但它们的化学成分都是水分子，因为它们水分子团的大小不同。

显然，要证明中药药理，单纯研究中药的化学成分是不行的，况且中药都是多成分，很难判断到底是哪一味药起了作用。要证明中药药理的方法只有一个，那就是反过来证明经络在人体分布的规律性。

从子午流注，以及同样的药对不同的人起到的是同样的作用，我们可以得到一个重要推论，那就是不管是黑人还是白人，不管是大人还是小孩，对应的同一条经络的基本孔隙大小是一个自然常数。只要证明这一点，中药药理就证明了。我们可以通过大量通透性试验来证明它，只要这个基本孔隙的大小确定了，我们就可以确定性地制造中药，从而实现中药的现代化。