认识自然有两种途径，一种是哲学的思辨，一种是科学的观察，哲学可以为科学提出原理，指明科学发展的方向；科学则可以验证这些原理，并为新原理的提出提供新的依据。两者是相辅相成，缺一不可的。可在实际的自然科学发展过程中，经常是格格不入的，这又是为什么呢？

很多人不知道哲学家是如何来认识世界的？其实，哲学并不是空洞的想像，它和科学一样有着坚实的自然科学基础，这就是物质的统一性，它告诉我们，人和万物一样，不仅由同一种物质组成，也由同一个原理支配，因此，人存在与发展的原理就是万物存在与发展的原理，认识了自己，也就认识了自然。哲学就是通过认识存在与发展的原理来认识大自然最普遍规律的学问。

显然，哲学方法本质上就是系统方法，它根据万物在运动原理上的统一性，通过系统间的类比来认识万物。有了这种方法论，我们就可以从宏观系统来认识微观系统，从可观察的系统现象来认识不可观察的系统现象，进而得到对自然更本质的认识。

比如，人与自然的关系，现有的科学用任何精密仪器也观察不到，可我们却可以通过人体系统与地球系统的类比来认识到。随着日地、月地距离的变化，地球上任意一点的引力肯定是周期变化的，潮汐效应就是由引力的变化引起的。人是地球的一个缩影，水在地球表面占70%，在人体也占70%，既然自然变化可以引起海水的潮汐效应，当然也会引起人体组织液的潮汐效应，这样一来，人与自然的关系就找到了。

同理，整体的普遍联系方式，现有的科学用任何精密仪器吼观察不到，可我们仍然可以通过人体系统与地球系统的类比来认识到。地球表面的能量循环主要是水循环，它通过太阳的照射，海水的蒸腾，风对云的运输，雨雪的肃降，土地的汇聚，从河流重回大海。类比到人，我们就知道人体能量循环的主要方式也是水循环。这样一来，整体与局部的关系我们也认识到了。

不过，整个西方科学的成就绝大多数都是建立在精密仪器的观察之上，其巨大的成功使科学家们特别迷信精密仪器，观察不到就不承认它的存在，于是，就出现了科学与哲学的矛盾。最典型的就是中医，中医来源于哲学，它很早就认识到人与自然的关系，以及整体与局部的关系，整个中医学理论就是建立在这些关系之上的。而西方科学呢？却一直观察不到这些关系，于是基于观察不到就不存在的理由否定了这些关系的存在，这才造成了中医和西医的矛盾。如果这些关系认识到了，中医和西医就可以汇通如一，成为统一的医学体系。

当然，之所以出现这些矛盾，还有一个更重要的原因，那就是立足点的不同。哲学的基础是一元论，即认为人和万物一样，不仅由同一种物质组成，也由同一个原理支配。而科学的基础则是多元论，即认为万物是由少数几个基本粒子组成的。立足点不同，当然对世界的认识就完全不同了。

与西方科学不同，东方科学与哲学是有机统一的，因为它们的立足点都是一元论，此时的哲学就是科学，科学就是哲学，两者不可分割。当然，站在一元论基础之上，科学只可能走向系统论，而不可能走向还原论，毕竟只有一种物质，还原论在这里没有意义，真正的自然规律是一个理，它只能通过哲学的思辨才能够获得。