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根瘤菌分子系统学研究者应掌握的知识:
一、必须熟练掌握使用以下分析软件:
1、 DNAMAN
2、 ClustalX
Clustal X 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较(multiple sequence alignment)的软件。多序列比较在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal X很适合这些方面的要求。
3、 Mega
4、 Sequin
能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列库递交序列。可以不用仔细考虑各数据库文件的具体格式,以问答填表格的形式,将需递交的序列和相关资料填好。可以在线直接发送,也可以生成相应格式文件,以e-mail形式发送。
5、 SPSS
6、 GelCompar II
7、 Primer或Oligo
8、 在NCBI上进行在线blast分析
二、应知道在这里查找文献:
1、 Google
2、 Baidu
3、 中国知网
4、 农大的西文全文电子期刊导航
5、 NCBI上的PubMed
6、 IJSEM
三、应知道在这里查找目前根瘤菌某个属共有多少种:
1、http://www.bacterio.cict.fr/
(如访问这里:http://www.bacterio.cict.fr/m/mesorhizobium.html,可知目前中慢生根瘤菌属共12个种。截止到2008年1月6日)
未完待续……
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