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0.环境与预处理
- 环境:win10、wsl2、ubuntu20.04、vasp6.1.0、Intel oneAPI
- 预处理:
1)Ubuntu更换国内的源
2)☆进入root模式:su -
3)更新:apt update && apt upgrade –y
4)安装编译需要的包:apt install build-essential
5)依次检查依赖包gcc,g++,gfortran是否安装:which <name>
若不显示安装路径则未安装,那么安装不显示路径的包:apt install gcc g++ gfortran
1.Intel编译软件安装
1)下载编译器Intel oneAPI:官网链接 (文件较大在线下载极慢)
软件名称:Intel oneAPl Base Toolkit、Intel oneAPI HPC Toolkit
下载文件名称如下所示:
2)两个文件依次安装
两者的解压命令,执行sh <file_name>:
sh ./l_BaseKit_p_2022.2.0.262_offline.sh
sh ./l_HPCKit_p_2022.2.0.191_offline.sh
若安装了Ubuntu GUI,则会弹出窗口(鼠标点击选择);
否则,命令行内会有选择界面(Tab、Enter、↑、↓、←、→)。
按需求选择安装内容,默认安装路径为 /opt/intel/oneapi。
3)验证是否安装成功
- 单次声明环境变量:source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
- 用which命令查看文件:icc,ifort,mpirun,mpiifort等,若显示路径则安装成功。
4)当前用户(root)永久添加上述路径为环境变量
- 打开环境变量配置文件:vim ~/.bashrc
- 在文件末尾添加:source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
- 保存并退出文件编辑(:wq)
- 执行一次:source ~/.bashrc
2.VASP软件安装
1)下载vasp6.1.0,得到压缩包:vasp.6.1.0.tar.gz
2)解压文件:tar –xzf vasp.6.1.0.tar.gz
得到如下文件结构:
3)编译文件
- 进入vasp.6.1.0文件夹内
- 将arch文件夹内的makefile.include.linux_intel文件复制到arch同一层级并重命名:cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
- 更改makefile.include文件内容(vim makefile.include),在其中的OFLAG参数里加入-xhost,这样编译器会使得编译出的程序能够利用当前机子CPU能支持的最高档次的指令集以加速计算。
- 运行make all命令开始编译,0.5~1h左右可以编译完毕。
-编译完成后,在bin文件夹下会生成三个可执行文件,如下图:
注:为了使用方便,可以把最常用的vasp_std改名为vasp。
报错?待解决
4)添加环境变量
- 在~/.bashrc末尾加入该bin的路径(实际路径),使得此目录加入到操作系统寻找可执行文件的路径中:export PATH=$PATH:/root/VASP/vasp.6.1.0/bin
- 执行一次:source ~/.bashrc
5)运行测试
分别准备好输入文件:INCAR,POSCAR,POTCAR,KPOINTS,放在同一个文件夹中,然后在该目录下输入vasp命令即可运行,但一般为了加快运行速度,偏向于使用并行运算,命令为:mpirun -np 4 vasp。数字为你使用的核心数。
Example:
下载测试任务包http://sobereva.com/attach/455/benchmark.Hg.tar.gz,这是个含50个Hg原子的标准测试任务。将之解压,会看到IN-short和IN-long,分别是一个耗时较短和一个耗时较长任务的INCAR文件。这里将IN-short改名为INCAR,进入此目录,输入mpirun -np 4 vasp测试调用四个核心执行此任务,然后检查得到的OUTCAR看是否内容正常,没异常的话就说明完全装好了!
如果运行自己的任务出现异常,把ulimit -s unlimited命令加入到~/.bashrc里重新进入终端再试,此命令可以避免某些操作系统对堆栈内存可用尺寸进行过严限制的问题。
3.Linux一些基本命令
- 按照合适的单位显示文件大小:ls –lh
- 删除文件夹:rm –rf <filename> (Linux无回收站,谨慎使用!)
- 解压*.tar.gz文件 :tar –xzf <filename>
- 文件夹复制:cp –r <dirA> <dirB>
注:cp、mv均可同时更改文件名称
- 当前所有可补全命令提示:双击Tab键
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参考链接:
https://www.vasp.at/wiki/index.php/Installing_VASP.6.X.X
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