基因共表达网络分析揭示 Metisa plana 激素通路中的关键调控基因

Metisa plana Walker（鳞翅目：Psychidae）是分布在东南亚的主要油棕害虫。M. plana 爆发被认为是对油棕业的严重持续威胁，因为它们能够显著降低果实产量和随后的生产力。目前，常规农药的过度使用可能会伤害非目标生物并严重污染环境。本研究旨在鉴定在 M. plana 基因共表达网络分析的三龄幼虫阶段参与激素通路的关键调控基因。对 M. plana 转录组进行加权基因共表达网络分析（WGCNA）以构建基因共表达网络（图 1）。 

图 1. 基因共表达网络分析

转录组数据集是从 M. plana 的不同发育阶段获得的，即卵、三龄幼虫、蛹和成虫。该网络使用 DPClusO 算法进行聚类，并使用 Fisher 的精确测试和接受者操作特征 (ROC) 分析进行验证。在网络上进行了聚类分析，并从十个最重要的聚类中识别出 20 个潜在的调控基因（例如 MTA1、Nub、Grn 和 Usp）（图 2）。

图 2. HUB基因的蛋白-蛋白相互作用网络

进行通路富集分析以确定激素信号通路，并确定了这些通路，即激素介导的信号通路、类固醇激素介导的信号通路和细胞内类固醇激素受体信号通路以及六个调控基因 Hnf4、Hr4、MED14、Usp、Tai 和Trr（图 3）。

图 3. Cytoscape中ClueGO/CluePedia的途径富集分析

这些关键调控基因有可能成为未来上游应用和验证研究的重要目标，以开发针对 M. plana 的生物合理杀虫剂和 RNA 干扰 (RNAi) 基因沉默方法。

原文链接：

https://doi.org/10.3390/insects14060503