在家蚕细胞中构建基因共表达网络并鉴定染色体动力学所需的先前未表征的鳞翅目特异性基因

测序技术和生物信息学的进步加速了许多物种的基因发现和基于同源性的功能注释，大量靶向基因研究极大地扩展了对基因功能的理解。尽管如此，仍有许多基因与其他进化谱系中的基因缺乏同源性，成为功能未知的基因。

从家蚕卵巢来源的细胞系 BmN4 构建了一个基因共表达网络，并试图根据功能已知和未知基因之间的相关性来推断未表征基因的生物学作用。在这个网络中，我们专注于涉及染色体结构、动力学和完整性的共表达模块，并选择未表征的基因用于后续基于 RNAi 的表型筛选。

图 1.实验设计流程图分析

这种方法能够识别 5 个基因，这些基因的敲低导致有丝分裂中染色体动力学和纺锤体形态的异常。其中之一是最近表征的基因 BmCenp-T，它在家蚕全心染色体上构建着丝粒蛋白复合物中起着核心作用。

在这项研究中，我们提出了一种构建基因共表达网络和选择候选基因进行小规模 RNAi 筛选的方法。这种方法是对基于同源性注释的补充，可能有助于分析谱系特异性未表征的基因，如孤儿基因。

原文链接：

https://doi.org/10.1016/j.ibmb.2022.103875

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