引言

在过去几年的研究工作中，共计有8种草莓的基因组序列被相继测定并发布。然而，对于植物生物学家和草莓育种工作者而言，这些海量数据的再利用以及更大规模的比较分析具有极高的挑战性。

为了解决这一难题，海南大学陈飞教授联合南京农业大学程宗明教授及团队成员，收集并格式化了这8种草莓的基因组数据，构建了基于Linux、Apache、PHP和MySQL的草莓基因组数据库 (Genomic Database for Strawberries, GDS)，涵盖了BLAST、JBrowse、共线性分析和基因检索等便捷工具。相关研究论文发表在 Horticulturae 期刊上。

草莓基因组数据库。

正文

草莓为蔷薇科 (Rosaceae) 草莓属 (Fragaria spp.) 植物，包括约25个种。森林草莓 (Fragaria vesca) 的基因组数据于2010年发布，是第一个被测定并发布的草莓基因组。自此，越来越多的草莓种基因组被测序并注释。2013年，研究者利用Illumina和罗氏454测序平台对栽培草莓 (Fragaria×ananassa) 基因组进行了测序，并运用Short-and Long-read方法进行重测序，获得了高质量的组装基因组。草莓基因组学研究不仅加深了我们对其起源进化的认识，更有利于育种工作的开展。鉴于草莓基因组学的最新进展，有必要建立一个在线免费的、整合草莓基因组数据的资源中心。

因此，该论文研究人员参考拟南芥、猕猴桃和核桃等数据库对以下8种草莓的基因组及相关数据进行了整合、挖掘、分析、聚类，构建了在线的草莓基因组数据库GDS (http://eplant.njau.edu.cn/strawberry)：

Fragaria×ananassa，

Fragaria iinumae，

Fragaria nilgerrensis，

Fragaria nipponica，

Fragaria nubicola，

Fragaria orientalis，

Fragaria vesca

Fragaria viridis。

GDS提供了一个用户友好的网络界面，并集成了一系列实用的生物信息学工具，使研究人员能够搜索、浏览或检索特定的信息。目前，GDS包括了参考基因组序列、GFF、CDS、PEP文件包和表达谱数据等，并支持这些数据以及基因注释、miRNA等的下载。

GDS主要功能如下所述：

BLAST：用户输入基因组序列、PEP或者CDS序列，选择物种名称后运行即可。

GDS中的JBrowse可用于草莓基因组详细情况的可视化分析。

GDS中的synteny search用于全基因组复制分析。

基因检索工具。

原文出自 Horticulturae 期刊

Zhou, Y.; Qiao, Y.; Ni, Z.; Du, J.; Xiong, J.; Cheng, Z.; Chen, F. GDS: A Genomic Database for Strawberries (Fragaria spp.). Horticulturae 2022, 8, 41.

撰稿人：殷学仁

专栏简介

“晓果仁”专栏由 Horticulturae 期刊编委殷学仁教授 (浙江大学) 主持。该专栏旨在对Horticulturae 期刊的典型论文进行点评与推荐，同时关注果树研究的最新进展。

专栏编辑

殷学仁 教授

浙江大学农业与生物技术学院

浙江大学农业与生物技术学院教授、博士生导师。曾先后承担国家自然科学基金 (优秀青年基金、面上项目、青年基金)、国家重点研发计划课题、公益性 (农业) 行业专项 (课题)、霍英东教育基金会青年教师基金、973计划 (子课题)、863计划 (子课题)、浙江省自然科学基金 (杰出青年基金)、教育部博士点基金等基金项目。

研究兴趣：果实发育与品质、果实采后生物学与技术、果树与环境响应、植物激素及其相互作用、分子生物学。

Horticulturae 期刊介绍

主编：Luigi De Bellis, University of Salento, Italy

期刊重点关注温带到热带园艺的所有领域以及相关学科，主题包括果树、蔬菜、花卉、苗圃和风景以及草药和香料作物等，研究涉及整个园艺供应链。

2021 Impact Factor：2.923

2021 CiteScore：1.8

Time to First Decision：15.9 Days

Time to Publication：35 Days