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在FlowJo10中调整流式图的坐标轴
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在FlowJo10中调整流式图的坐标轴
作者：蔡何青，FlowJo技术专员
我们分析流式数据的目标之一是为了得到高质量的流式图。有时候一些数据的细胞压轴，我们需要对流式图的坐标轴进行调整，才能将所有细胞都呈现出来。在FlowJo10中可以灵活地调整流式图的坐标轴，这些调整包括：
1. 更换坐标轴的类型：Linear(线性), Logarithmic(对数), Logicle(双指数) (FlowJo中称为Biex)
2. 调整坐标轴的范围
3. 调整Biex坐标轴的有关参数：Extra Neg. Decades与Width Basis
对于调整流式图的坐标轴，我们经常遇到的一个疑问是：会不会是人为地更改了数据导致了数据呈现的更好？答案是否定的。更改流式图的坐标轴其实质是用不同刻度的坐标轴来显示数据，对原始数据的各项数值都没有做任何改动。
首先，我们来看这三种类型的坐标轴：
Linear：坐标轴的刻度是按照50K、100K、150K来标注的，是线性递增的；相当于下图中的linear方程（绿色直线）
Logarithmic：坐标轴的刻度是按照100、101、102来标注的，是指数递增的；相当于下图中的exponential方程（黑色曲线）；坐标轴的刻度数值＞0，不能显示0及0以下的数据
Logicle (Biex)：能显示0及0以下的数据；是按照下图中的Logicle方程来标注刻度的，见下图中的红色曲线，在低位段（此图例中大约为Y轴的-25至+25位段）是以接近于linear方程（绿色直线）的形式来标注刻度，在高位段（此图例中大约为Y轴＜-25位段和＞25位段）是以接近于exponential方程（黑色曲线）的形式来标注刻度
（图片引自：David R. Parks. 2006. A New "Logicle" Display Method Avoids Deceptive Effects of Logarithmic Scaling for Low Signals and Compensated Data. Cytometry Part A）
那么，什么时候用哪种坐标轴呢？
Linear：散射光参数，如FSC和SSC
Logarithmic：荧光参数，
Logicle (Biex)：荧光参数，多色实验的荧光参数一般都要使用Logicle轴，因为荧光补偿之后会产生负值
FlowJo 10中的自定义参数轴窗口
点击图形窗口界面的“T”按钮，选择“自定义参数轴”，打开自定义参数轴窗口，如下图所示：
①更换坐标轴的类型：Linear，Logarithmic，Biex
②手动输入坐标轴的范围，包括最大值和最小值
③通过增加和减少按钮调整坐标轴的范围
④当使用Biex坐标轴时，调整Extra Neg. Decades值的大小，
⑤当使用Biex坐标轴时，调整Width Basis值的大小
（关于Extra Neg. Decades与Width Basis的详细解释，请参考博文《FlowJo应用常见问题及其解答》中的内容）
应用实例——多色流式数据分析时调整某个荧光参数的坐标轴
数据来源：Accuri C6采集的数据
步骤：
①导入数据，设门分析后得到了CD4 vs. CD8的点图，如下图所示。对于补偿过的荧光参数，FlowJo 10会默认以Biex坐标轴来显示，而且软件自动对其Extra Neg. Decades与Width Basis值进行了调整
②在下图中，我们能发现最右边的一群细胞有压轴的现象，而且软件也给出了提示：有一小部分细胞压在了X轴上，因此需要对Y轴坐标轴的范围进行调整
③点击Y轴的T按钮，打开“自定义参数轴”窗口，将Extra Neg. Decades由默认的0调为1，再增加一段负的刻度段来将0以下的所有数据完全显示出来。操作如下图所示
④点击“应用”按钮，得到结果如下图所示：原来压轴的数据完全显示出来了
https://blog.sciencenet.cn/blog-349948-665192.html
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