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如何比较不同细胞数目的流式数据?

已有 34897 次阅读 2012-2-22 07:33 |个人分类:FlowJo使用|系统分类:科研笔记| 流式数据, 细胞数目不同

如何比较不同细胞数目的流式数据 
作者:蔡何青,FlowJo 技术专员

我们在做流式实验的时候,有时可能会由于实验组和对照组细胞总数不一样,而导致数据图的细胞密度有差异,虽然不同样本间细胞数目的差别不会影响结果,因为通常我们比较的是百分比等相对统计值而不是绝对计数。但是,为了美观及其它的一些因素,会希望可以比较相同数目的细胞,或者说将细胞数目的差异不体现在样本间。在FlowJo中有3种调整方法可以达到这种效果。 

1. 如果是散点图,在图形窗口中将Graph Type改为Dot Plot,然后在Num. Dots中手动输入需要显示的细胞数目。

2. 如果是Layout中的直方图叠加,在Layout editor中双击叠加的直方图,在Graph Definition窗口中将Y Axis中的选项选为% of Max。这样Y轴就成为一个相对的数轴,而不是之前的绝对细胞计数,从而消除因细胞数目的不同而造成的差异

3. 将所有样本的细胞数目变成一样。

FlowJo 有一个功能可以在原有FCS数据的基础上导出一个新的FCS数据。我们可以利用此功能将所有的FCS数据导出为含有相同细胞数目的样本

Workspace>Export / Concatenate Dialog中将Event Count中的细胞数目改为需要显示的细胞数目,(需小于现有的细胞数目), 选择Output format, 为FCS2.0或者FCS3.0(保持和你本身样本Format一致)Select选项,可以更改保存的路径,并给导出的FCS数据命名。然后export,导出一个新的FCS数据。 你可以将所有的样本都导出为含有同样细胞数目的样本,再进行比较。



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