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如何用FlowJo分析Accuri C6数据

已有 26055 次阅读 2012-2-18 08:39 |个人分类:FlowJo使用|系统分类:科研笔记| FlowJo, 流式数据分析, Accuri

如何用FlowJo分析Accuri C6数据
作者：蔡何青，FlowJo 技术专员

目前市场有很多流式仪器，包括几家大的公司如BD,贝克曼等。FlowJo做为一款优秀的流式数据分析软件，可以兼容几乎所有流式仪器采集的数据，可以弥补其它机器自带软件的分析功能不足的缺憾，这也是FlowJo备受欢迎及推崇的原因。

今天将详细介绍如何用FlowJo来分析BD公司的机器Accuri C6采集的数据。Accuri C6是一款全功能、双激光的小型桌面流式细胞仪，有其独特的优势。但是Accuri C6自带的CFlow软件在分析流式数据方面还存在一些进步的空间，比如：缺乏完善的图片叠加功能，尤其是其直方图叠加的效果有待加强；缺乏细胞周期分析工具、增殖分析工具以及动力学分析工具。FlowJo是目前直接可以和它兼容的流式数据分析专业软件，满足用户的数据分析要求。

实际上，用FlowJo分析Accuri C6的流式数据与用FlowJo分析其他流式细胞仪采集的流式数据是一样的。只不过由于Accuri C6在采集数据的时候不需要设置电压等特点，在分析Accuri C6数据的时候要做一些简单的处理。这篇博文将对这些处理步骤做详细的介绍。

一、在Accuri C6将数据导出为FCS格式

ISAC制定的流式数据的标准格式为FCS格式，Accuri C6的CFlow软件默认的数据保存格式为其特有的C6格式。因此，在用FlowJo分析Accuri C6数据之前，需要将数据转换为FCS格式。可参考下面的操作步骤：

1. 打开CFlow软件，点击File菜单，在下拉菜单中选择Open CFlow File or Template，导入采集到的C6格式的数据

2. 点击File菜单，在下拉菜单中选择Export FCS File或者Export ALL Sample as FCS

二者的区别是：

Export FCS File：将选定的某个 data well (sample) 输出为FCS格式的数据，并保存到用户自建的文件夹里

Export ALL Sample as FCS：将所有的data well (sample) 输出为FCS格式的数据，并保存到“CFlow-FCS Exports”文件夹里，这个文件夹一般在桌面上

图1

二、调节坐标轴的范围

由于Accuri C6在采集数据的时候不需要设置电压，而且C6能够采集到的信号范围位于1-16777216（10⁰-10^7.22），流式图中的细胞群可能会由于坐标轴的范围过大而被压缩在左下角的位置，如图2所示：

图2

这时我们需要合理调节坐标轴的范围，使细胞群显示于流式图的中间位置，从而能明显地看到细胞分群，便于我们设门。

按照以下步骤操作：

1. 点击坐标轴右边的T按钮（图3），在下拉菜单中选择Change displayed parameter range

图3

2. 打开调节坐标轴范围的对话框（图4），在其中输入合适的范围，Min为坐标轴的最小值，Max为最大值

图4

3. 在修改坐标轴范围的时候，输入数值后，点击Apply按钮查看调整后的效果，如果效果不好，再重新输入数值，直到达到理想效果后（如图5）再点击OK按钮

图5

三、对于已经在Accuri C6上进行过荧光补偿的数据

对于在Accuri C6上进行过荧光补偿的数据，FlowJo会默认对其进行双指数转换，并且双指数转换中Positive decades的默认值为4.5，而Accuri C6的Positive decades值为7.22，因此会导致在流式图上会显示出细胞群的压缩（如图6），这种情况下不便于设门而且流式图的效果也不好。