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Cluster 功能的使用
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Cluster 是MAC版本专属的一个功能，它主要是用来自动检测细胞群，对于分析你不是很熟悉的细胞群有很大的帮助。 在流式分析时，你打开一个数据窗口，不知道你的细胞群怎样分布，不知道设门的时候。可以借用此工具。
例如这个数据, 你不知道那个细胞群是淋巴细胞。
你可以先选中那个FCS数据，然后到菜单Platfrom>>cluster, 然后点击cluster, 在下方的表格里会出现颜色标记的Cluster。你可以选中一列，然后点击 Create Gates, 这时，不同的细胞群就各色的显示在图形里，如图所示。
那么这对你界定细胞群有什么帮助呢？下面是我最喜欢的一个方法。在这里我要介绍怎么在第一个图例里确实你的淋巴细胞的位置
还是打开Cluster窗口，然后在最上方，选择FFS, SSC, 然后再加一个主要的参数轴，这这个例子里是CD3.然后依旧是点击右上方的Cluster， 然后选择表格里2－3个主要的Cluster（通常是最上面的几个）， Create gates. 这时你CD3low, CD3medium, CD3high, 3个细胞群都用颜色标记出来了。 这时候，你怎么确定那个细胞群是淋巴细胞呢？很明显，CD3low 或者negative，不是我们感兴趣的（根据常识)。那么CD3 medium和CD3 high， 那个是呢？ 那么看它们在其它的图形上的分布，在ForSc(FFS)和OrthSc（SSC)的分布上（彩色图第一和第二个），属于细胞Size 比较大的,淋巴细吧一般不会最大。当然你可以加进CD4和CD8 进一不确认. 所以，Cluster 2，既绿色的那个细胞群，很可能就是你要找的。根据这个来给你的细胞群设门。
如下图
以下为英文的指导。
Clustering
Basic intro
What clustering do?
Automatically identify subsets of cells without knowing what they are.
When will this function be useful?
To identify the subset you are not familiar with
How to use clustering?
General Steps:
1.select the population you want to analyze. If you have an idea which population to look for, then gate on that population and perform clustering on that population, if not, perform clustering on the whole population
2.Go to Platform and select cluster
3. Hit Cluster on the upper right
4. In the lower table, select a cluster and hit Create Gates button, you will see where the cluster lay in the graphs with all the combination of available parameters.
How to identify your subset use Cluster?
First, select only to show the FFS, SSC and one other key parameter, like CD3,
identify the main cluster and now you will see the CD3 positive subsets you are interested in fall to cluster #3, when you click on that cluster, you will see where they are in the graph of FFS and SSC and now you have a better idea of where to gate on your lymphocytes.
After you have gated the lymphocyte subset, you can move on and perform cluster on this subset to identify your CD4 and CD8 cells.
This may sounds stupid. who doesn't know how to identify CD3, 4 and 8? but when you are looking for a unfamiliar sunset. This tool will become handy!!
https://blog.sciencenet.cn/blog-349948-284914.html
上一篇：流式荧光补偿对照的选择， cells or beads?
下一篇：什么是FMO( Fluorescence minus one)?
例如这个数据, 你不知道那个细胞群是淋巴细胞。
你可以先选中那个FCS数据，然后到菜单Platfrom>>cluster, 然后点击cluster, 在下方的表格里会出现颜色标记的Cluster。你可以选中一列，然后点击 Create Gates, 这时，不同的细胞群就各色的显示在图形里，如图所示。
那么这对你界定细胞群有什么帮助呢？下面是我最喜欢的一个方法。在这里我要介绍怎么在第一个图例里确实你的淋巴细胞的位置
还是打开Cluster窗口，然后在最上方，选择FFS, SSC, 然后再加一个主要的参数轴，这这个例子里是CD3.然后依旧是点击右上方的Cluster， 然后选择表格里2－3个主要的Cluster（通常是最上面的几个）， Create gates. 这时你CD3low, CD3medium, CD3high, 3个细胞群都用颜色标记出来了。 这时候，你怎么确定那个细胞群是淋巴细胞呢？很明显，CD3low 或者negative，不是我们感兴趣的（根据常识)。那么CD3 medium和CD3 high， 那个是呢？ 那么看它们在其它的图形上的分布，在ForSc(FFS)和OrthSc（SSC)的分布上（彩色图第一和第二个），属于细胞Size 比较大的,淋巴细吧一般不会最大。当然你可以加进CD4和CD8 进一不确认. 所以，Cluster 2，既绿色的那个细胞群，很可能就是你要找的。根据这个来给你的细胞群设门。
如下图
以下为英文的指导。
Clustering
Basic intro
What clustering do?
Automatically identify subsets of cells without knowing what they are.
When will this function be useful?
To identify the subset you are not familiar with
How to use clustering?
General Steps:
1.select the population you want to analyze. If you have an idea which population to look for, then gate on that population and perform clustering on that population, if not, perform clustering on the whole population
2.Go to Platform and select cluster
3. Hit Cluster on the upper right
4. In the lower table, select a cluster and hit Create Gates button, you will see where the cluster lay in the graphs with all the combination of available parameters.
How to identify your subset use Cluster?
First, select only to show the FFS, SSC and one other key parameter, like CD3,
identify the main cluster and now you will see the CD3 positive subsets you are interested in fall to cluster #3, when you click on that cluster, you will see where they are in the graph of FFS and SSC and now you have a better idea of where to gate on your lymphocytes.
After you have gated the lymphocyte subset, you can move on and perform cluster on this subset to identify your CD4 and CD8 cells.
This may sounds stupid. who doesn't know how to identify CD3, 4 and 8? but when you are looking for a unfamiliar sunset. This tool will become handy!!
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