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代谢学人--三羧酸循环之华山论剑

已有 32958 次阅读 2021-12-6 20:18 |个人分类:好看的生化书|系统分类:论文交流

文 | 陈俊桐 郭文秀

编辑 | 孟美瑶

校对 | 郭文秀

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前情提要

好看的生化书:三羧酸循环篇

在上期升职记中

丙酮酸在TCA循环中历经艰辛

收获能量,不断蜕变

最后作为引路人开启新的循环。

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走完了主线剧情

关于TCA循环还有很多要说~

我们精彩继续,揭开TCA的支线剧情。

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第三幕:TCA循环的调控与交叉


TCA循环与各大代谢途径有着错综复杂的联系,它的中间产物和种种底物同时又可以被其他代谢途径所利用。那么机体如何处理各种途径间的关系,又如何调控TCA循环呢? 

TCA循环属于不定向代谢途径,其作为糖代谢产能枢纽的同时也为合成代谢提供了反应原料,下面以TCA循环起始的两个物质乙酰CoA和草酰乙酸(OAA)为例,看看TCA部门的成员们是如何各代谢通路“通吃”吧!

乙酰CoA作为糖代谢的中间产物,也是脂肪和某些氨基酸的代谢产物,不仅可以进入TCA循环彻底氧化分解产生能量,在能量充足的情况下,乙酰CoA与OAA形成的柠檬酸在TCA循环内累积,当柠檬酸(产物)浓度较高时会抑制柠檬酸合酶(CS)的活性。这时,过多的柠檬酸借助柠檬酸-丙酮酸循环(Citrate pyruvate cycle)进入胞质中,再裂解为乙酰CoA,胞质中的乙酰CoA则可进一步参与脂肪酸的合成,从而将过剩的能量以脂类的形式存储下来。同时,在肝脏、小肠、肾上腺皮质中,细胞质中的乙酰CoA也是合成胆固醇非常重要的原料。在饥饿等特定情况下,肝细胞能够在线粒体基质中将由脂肪酸氧化过程中产生的乙酰CoA转化为酮体,为脑和肌肉组织供能。


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                                                                          乙酰CoA参与代谢通路

在能量缺乏状态下,肝脏中的丙酮酸激酶(Pyruvate kinase,PK)受到胰高血糖素的磷酸化抑制,因此糖酵解过程中丙酮酸的合成被抑制,进而造成了TCA循环中乙酰CoA的匮乏,从而使得剩余的草酰乙酸(OAA)进入胞质内脱羧参与糖异生(Gluconeogenesis)作用,维持机体血糖的稳定。在这个过程中,由于OAA不能直接通过线粒体膜,因此在线粒体基质中的苹果酸脱氢酶(MDH)的作用下,将OAA还原成苹果酸,通过线粒体内膜上的苹果酸转运体进入胞浆,再由细胞质基质中的MDH将苹果酸氧化为OAA,OAA进一步在磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEP carboxykinase,PEPCK)作用下,转化为磷酸烯醇式丙酮酸(Phosphoenolpyruvate,PEP)而进入糖异生反应途径。而在机体能量供应充足时,OAA也可作为氨基酸的碳骨架,即OAA在线粒体基质中,可以在谷草转氨酶(Glutamic oxaloacetic transaminase,GOT)作用下接受氨基后合成天冬氨酸(Asp)等等。因此,OAA可作为各种代谢途径的底物分子,广泛的参与糖异生、氨基酸合成以及TCA循环等途径。

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                                                                                草酰乙酸参与代谢通路

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                                                                            草酰乙酸参与糖异生作用

(磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(Phosphoenolpyruvate Carboxylase,PEPC)在线粒体和胞液中都存在,因此OAA可在线粒体中直接转变为PEP,OAA也可在胞液中被转变成PEP。)



拓展阅读

                                                                   柠檬酸-丙酮酸循环

由于脂肪酸的合成是在胞质内进行的,线粒体中的乙酰CoA若要进入胞液(题外话,乙酸和柠檬酸可以在胞液中转变成乙酰CoA)需借助柠檬酸-丙酮酸循环(Citrate pyruvate cycle)来进行乙酰CoA的转运。 

循环流程:在机体能量充沛的状态下(含有丰富的碳骨架-柠檬酸),在线粒体基质内乙酰CoA与OAA缩合成过多的柠檬酸后,柠檬酸经内膜上的三羧酸载体运至胞浆中,在ATP柠檬酸裂解酶(ATP citrate lyase,ACL)催化下需消耗ATP将柠檬酸重新裂解为乙酰CoA与OAA,乙酰CoA在细胞质基质中可用于合成脂肪酸,而OAA经还原后在MDH的催化下生成苹果酸,苹果酸又在苹果酸酶(Malic enzyme, ME)的催化下变成丙酮酸,丙酮酸经内膜载体运回线粒体,在PC作用下重新生成OAA,这样就可以又一次参与转运乙酰CoA的循环。每经过1次柠檬酸-丙酮酸循环,可使1分子乙酰CoA由线粒体转入胞浆,并消耗1分子ATP(消耗两分子高能磷酸键),产生1分子NADPH(作为脂肪酸从头合成反应的还原剂)。该循环为脂肪酸的合成提供充足的原料(乙酰CoA)和还原剂(NADPH),满足机体对脂肪酸的需求。

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                                                                            柠檬酸-丙酮酸循环

所以,TCA作为三大营养物质代谢的共同通路,调控代谢物合成和分解的平衡显得尤为重要。

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细胞调控TCA的方式在于三步不可逆的限速步骤,具体而言就是调节相关限速酶(CS、IDH、α-KGDHC)的活性。当细胞能量充足/匮乏时,细胞能量状态指示剂,如高能指示ATP、NADH、柠檬酸等各种TCA循环中间产物代表了细胞内存在丰富的碳骨架;低能指示:ADP、AMP、Ca2+(在肌细胞中,钙离子是肌肉收缩的信号,肌肉收缩需要ATP,钙离子可激活IDH,促进TCA循环)等,可以作为负/正别构效应物,与酶结合影响其与底物结合的活性。此外,对于TCA循环起始的控制也极其重要,因此PDH受到多种方式的调节:产物的竞争性抑制、共价修饰调节等(忘记了嘛?回头看看,我们在前期准备中介绍过呦!) 

TCA循环可以响应机体的能量状态,积极的参与机体的代谢协调作用,与糖类分解、糖异生、脂肪酸合成与分解、氨基酸合成等途径相互影响相辅相成。如胰高血糖素和胰岛素(反映机体血糖和能量状态的一对激素)可同时影响多种代谢途径胰高血糖素可激活cAMP-PK系统,参与广泛的磷酸化作用,磷酸化PK(EMP第10步反应限速酶)使其失活,进而间接抑制TCA循环的进行,抑制糖代谢,促进糖异生。胰岛素一方面通过PI3K-Akt途径增加GLUT4(葡萄糖转运蛋白4)的细胞膜转位,促进葡萄糖的摄取,并激活PDH促进TCA循环,抑制糖异生;另一方面也能诱导乙酰CoA羧化酶(Acetyl CoA carboxylase,ACC)和脂肪酸合酶(Fatty acid synthase,FAS)的合成来促进脂肪酸合成,并抑制脂肪酸的氧化。

第四幕:TCA and beyond


有的人专心致志做好一件事,谋好一份差,我们称之为专业人士,但也不乏有同时进行好几份工作,同时谋很多职位的多能人士。细胞是一个“社会”,TCA是一个“利益圈”,也存在分子多用的现象,在交流广泛的”细胞社会”中,TCA循环的代谢中间物和代谢酶们也是多面手哦!

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TCA代谢物一身多能

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                                                                                  代谢物的兼职


1. 乙酰CoA

(1)作为原料
       由上文我们知晓,乙酰CoA不仅是TCA循环的底物,还是脂肪酸和生酮氨基酸(如赖氨酸lys,亮氨酸leu)的代谢产物,在肝脏中也是合成酮体和胆固醇非常重要的原料。

(2)调节染色质动力学(表观遗传学调控)     
       乙酰化修饰是细胞内主要的蛋白翻译后修饰之一。乙酰CoA能够提供乙酰基,可作为组蛋白乙酰化过程中必要的辅助因子,间接参与基因表达调控。组蛋白乙酰转移酶(histone acetyltransferases,HATs)是催化组蛋白氨基末端乙酰化的酶。HATs的活性对乙酰CoA水平的变化非常敏感。

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乙酰CoA提供乙酰基参与组蛋白乙酰化修饰作用

同时,研究发现乙酰CoA作为一种线粒体的关键信号可通过重塑染色体来影响衰老的进程。当发生线粒体应激反应或乙酰CoA降低时,会启动组蛋白去乙酰基酶复合物(histone deacetylase,HDAC)来给染色质进行加工(染色体重塑),调节细胞代谢变化,进而引起衰老。当恢复乙酰CoA的水平时,可以逆转寿命的减少[4]。此外,有研究发现,新生儿肝脏通过促进生酮作用来阻止乙酰CoA参与的蛋白乙酰化修饰,防止线粒体蛋白过乙酰化来保护线粒体能量生成。代谢学人:Nature Metabolism 二月刊荐读

(3)影响免疫、癌症和干细胞功能      
       有多篇研究工作分析了在不同类型的肿瘤(包括乳腺癌,脑胶质瘤和前列腺癌)中乙酰CoA可促进肿瘤侵袭转移的表征。酰基辅酶A硫酯酶12(acyl-CoA thioeaterase12,ACOT12)是调控肝癌细胞乙酰CoA代谢的关键酶,其表达量的下调可引起肝癌细胞乙酰CoA水平和组蛋白乙酰化水平的提高,进而通过乙酰化修饰来激活肿瘤上皮间质转化中的重要转录因子(TWIST2)基因的表达,促进肝癌上皮间质转化(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)过程和肝癌的转移。因此,乙酰CoA水平的累积很可能是肝癌转移的驱动性因素[5]。此外,为了满足自身的生物合成,在癌细胞中(如脂肪酸合成酶(FAS)高表达的皮肤黑色素瘤中)α-KG可作为Gln的前体,产生大量Gln,而Gln也可以通过反向TCA循环途径产生柠檬酸和乙酰CoA,满足肿瘤细胞对乙酰CoA的需求,促进肿瘤细胞的增殖。
代谢学人:Cell Metabolism四月刊亮点推荐

2. 草酰乙酸(OAA)


OAA被认为是TCA循环的催化剂,其含量决定着细胞内TCA循环的速度,因此OAA的持续供给对于TCA循环正常运行至关重要。机体会通过多种回补途径去合成OAA,如在PC的作用下,OAA可由丙酮酸与CO2羧化生成(附图1);此外,OAA也可在谷草转氨酶(Glutamic oxaloacetic transaminase,GOT)的作用下由Asp生成(附图2)。其中,由PC介导的丙酮酸羧化反应是OAA最常见且重要的回补反应,由于乙酰CoA是PC的激活剂,当TCA循环中间产物如OAA缺乏时,会引起乙酰CoA浓度的升高,从而激活PC促使OAA增加,推动整个TCA循环的进行;其次,当细胞内氨基酸水平较高时,可由Asp转氨生成OAA,或者由谷氨酸(Glu)生成α-KG,由异亮氨酸(Ile)、缬氨酸(Val)、苏氨酸(Thr)和甲硫氨酸(Mel)生成琥珀酰CoA,再通过TCA转化为OAA。

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                                               在PC的作用下,OAA可由丙酮酸与CO2羧化生成(附图1)

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OAA也可在GOT的作用下由Asp生成
(附图2)


3. α-酮戊二酸(α-KG)


(1)作为缺氧反应的关键调节剂 
      
α-KG被认为是一种重要的活性代谢中间产物,在干细胞发育、抗衰老、抗癌和调节能量代谢等方面均具有重要作用。其中α-KG水平的升高可以激活脯氨酰羟化酶(prolyl hydroxylase domain,PHD)和泛素连接酶的活性,促进缺氧诱导因子(hypoxia inducible factor,HIF)的降解,从而抑制肿瘤的发展。

(2)参与炎症反应 
      在巨噬细胞中,α-KG在抗炎反应方面发挥了重要的作用。在IL-4激活的巨噬细胞中,高水平的α-KG会促进Gln(谷氨酰胺)的分解,并通过影响组蛋白去甲基化酶(Histonedemethylase,HDMs)的活性来削弱炎症(“α-KG依赖的双加氧酶”可以催化5-甲基胞嘧啶(5-mC)转化为5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC),是DNA去甲基化过程中的一种重要酶。α-KG可结合在α-KG依赖的双加氧酶的催化结构域的α-KG结合位点来促进其活性。)。然而,在脂多糖刺激后的经典巨噬细胞激活中,高水平的α-KG被发现起促炎作用。
代谢学人:Cell Metabolism九月刊代谢研究亮点

(3)调节酶的活性 
      先前研究报道,α-KG 能特异性下调脯氨酸羟化酶3(Proline hydroxylase, PHD3)的表达,进而降低肾上腺素β2受体(β2-adrenergic receptor, ADRB2)的羟基化和泛素化水平,维持ADRB2的稳定。ADRB2是一种G蛋白偶联受体,主要分布于骨骼肌和支气管平滑肌。肾上腺素主要通过ADRB2来增加骨骼肌血液供应,抑制肌肉萎缩。因此,α-KG 能够调节PHD3的活性及表达量来间接影响ADRB2,从而改善和治疗动物肌肉萎缩[6]。
代谢学人:PHD3缺失促进骨骼肌运动能力和脂肪氧化

(4)调节代谢状态 
      
有研究发现,在果蝇体内补充α-KG可激活AMPK信号并抑制mTOR通路来调节机体代谢状态,并能延长果蝇寿命[7]。
代谢学人:Nature Metabolism: Glis1通过“表观基因组-代谢组-表观基因组”信号级联诱导细胞的多能性

4. 琥珀酸

(1)参与炎症的信号转导 
      琥珀酸可以作为一种信号分子,琥珀酸盐在炎症、低氧和代谢信号传导中起重要作用。有研究发现琥珀酸是先天免疫信号中的一个重要的代谢产物,研究人员发现革兰氏阴性菌的脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)会显著诱导线粒体三羧酸循环中间体琥珀酸的含量,而琥珀酸通过稳定HIF-1α,促进炎症反应中IL-1β的产生。同时,研究人员还发现LPS的刺激还导致很多蛋白琥珀酰化修饰水平的增加,蛋白质琥珀酰化和炎症反应相关,但该修饰在炎症中的具体作用还不清楚。[8]。此外,细胞外琥珀酸水平的持续升高也与慢性疾病的促炎发病机制有关。琥珀酸能通过其同源受体-琥珀酸受体1(SUCNR1)连接肝星状细胞和巨噬细胞群,来促进炎症。
 (代谢学人:Nature Metabolism 五月刊荐读精选

(2)类激素样功能 
      能够激活琥珀酸受体1(SUCNR1,一种G蛋白偶联受体)和NF-κB信号传导途径,从而使树突状细胞介导的T细胞活化,促进骨吸收和破骨细胞(osteoclast, OC)分化[9]。在肌肉组织中,琥珀酸信号分子通过SUCNR1来控制非肌原纤维细胞中肌肉重塑转录程序。 
代谢学人:CELL 近期代谢研究推荐


拓展阅读

                                                               蛋白质的琥珀酰化修饰 

蛋白质琥珀酰化(succinylation)修饰是指琥珀酰基团供体(如琥珀酰CoA)将琥珀酰基团共价结合到底物蛋白质的赖氨酸(lys)残基的过程。琥珀酰化修饰赋予lys两分子负电荷,引发蛋白质所带电荷的改变。由于琥珀酰基团空间结构较大,琥珀酰化修饰对于蛋白质结构和功能的影响更为显著。

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蛋白质的琥珀酰化修饰

在众多的研究中,蛋白质的琥珀酰化修饰在进化中都是一种较为保守的蛋白质修饰,并且这种修饰在众多的生理与病理学(植物抗逆、肿瘤发生、炎症产生等)调控机制中都具有重要的意义。

       

5. TCA循环其他代谢产物

有研究表明:衣康酸(itaconate)是TCA循环中的次级代谢产物,由TCA循环的代谢中间物-顺乌头酸(cis-aconitate)转化而来,是机体驱动巨噬细胞向M2抗炎巨噬细胞分化的辅助因子。衣康酸可调节肝脏巨噬细胞的代谢程序,可抵抗炎症的发生,增强机体免疫。代谢学人:Nature Metabolism七月刊精选 

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衣康酸由顺乌头酸转化而来

此外,其他的TCA循环代谢中间物也可谓是多能于一身(如柠檬酸不仅作为TCA循环的底物,还可作为作为别构效应物调节代谢酶的活性,如柠檬酸可以在EMP途径中磷酸果糖激酶1(Phosphofructokinase-1,PFK-1)的别构抑制剂,参与细胞能量状态的调节)等等。

TCA代谢中间物的多才多能不胜枚举,大家一起来探索呀~。

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功能多了,职位多了意味着责任也变多了;

TCA循环代谢中间物开了小差,后果不容小觑!

若TCA循环中的氧化大佬工作中乱了节奏

又会怎样?

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TCA代谢酶类举例


 1. 丙酮酸脱氢酶(PDH)

T2D(2型糖尿病)会增加糖尿病性心肌病的患病风险,表现为舒张功能障碍。有研究表明,在T2D中,心肌叉头转录因子1(FoxO1)活性增强,会升高丙酮酸脱氢酶激酶4(Pyruvate dehydrogenase kinase-4,PDK4)的表达,从而抑制PDH的活性。PDH的活性的下降使得TCA循环受损,造成较低的葡萄糖氧化速率,使得心脏功能下降,增加患心肌病的风险。因此抑制FoxO1可能通过激活PDH,进而减轻糖尿病心肌病。代谢学人:Cell Reports四月代谢精选

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抑制FoxO1通过激活PDH来减轻糖尿病心肌病

此外,在小鼠肿瘤转移模型中,研究发现AMPK (AMP活化蛋白激酶)-PDHc轴被激活,驱动了PDHc活化,进而促使肿瘤细胞适应代谢(维持肿瘤细胞TCA循环的进行)和氧化应激来促进肿瘤转移。代谢学人:Cell子刊 肿瘤代谢精选

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AMPK (AMP活化蛋白激酶)-PDHc轴

2. 琥珀酰CoA合成酶(SCS)

琥珀酰CoA连接酶(Succinyl-CoA Ligase,SUCL)是SCS的一部分。在TCA循环过程中,α--KGDHC和SCS将α-KG转变为琥珀酸,当SCS缺乏时可导致TCA循环受阻,导致α-KG,柠檬酸和乙酰-CoA的积累,在T细胞中可导致炎性反应和组织侵袭。代谢学人:Cell Metabolism 12月刊精选

3. 琥珀酸脱氢酶(SDH)

在遗传性神经节瘤和肾上腺嗜铬细胞瘤中通常伴随着SDHB、SDHC和SDHD亚单位的显性突变[14-16]。此外,SHDB的突变与肾细胞癌或T细胞急性白血病也存在关联[17]。有研究发现细胞中缺陷SDH和FH会造成HIF1,琥珀酸和延胡索酸的累积,进而能够抑制PDH活性,并激活HIF1-a和下游的缺氧途径,这表明SDH突变和缺氧反应的细胞通路之间也可能存在联系,使得SDH突变更易于引发癌症[18-22]。

4. 延胡索酸酶(FH)

研究发现,FH基因的显性突变(大多数是错义突变),易于形成肿瘤,而隐性突变会导致早期死亡和急性脑病[10,11]。FH突变与多发性皮肤和子宫平滑肌瘤、遗传性平滑肌瘤和肾细胞癌的易感性相关[10,12,13]。此外,在肿瘤细胞线粒体基质中,FH、MDH和CS常常构成代谢酶串联,协同地进行线粒体能量代谢。有研究表明,定位于线粒体基质的GAS5(lncRNA生长停滞特异性分子5)是维持细胞能量稳态的肿瘤抑制因子,通过影响代谢酶的串联来调控TCA循环代谢中间物的通量,影响肿瘤代谢。代谢学人:Nature Metabolism 1月荐读



番外篇:TCA循环变体

任何事物都会有关联和创新,

TCA循环在进化的过程中,

虽然保守,但也不是一成不变,

偶尔任性一下,改变循环模式,也是有的哦!


反向TCA

反向TCA循环又称为还原性TCA循环,是指与氧化TCA循环相逆的一系列化学反应过程。
(1)反应过程不同
       正常的TCA循环过程中IDH催化柠檬酸脱羧生成α-酮戊二酸和CO2,而反向三羧酸循环催化α-酮戊二酸羧化生成柠檬酸,柠檬酸穿过线粒体膜进入细胞质裂解为乙酰CoA和OAA。
(2)反应酶有差别
       与TCA循环中IDH3不同,反向TCA循环中用到的酶是IDH1和IDH2,虽然都称为IDH,但是用到的辅酶和催化的反应类型均不同。人体中有3种IDH酶,分别是细胞质中的NADP-IDH1,线粒体中的NADP-IDH2和NAD-IDH3。在TCA循环中,生成的柠檬酸通过IDH3生成α-KG,进行TCA循环过程。而线粒体中的IDH2能够催化α-KG羧化生成柠檬酸,柠檬酸通过与柠檬酸-丙酮酸循环类似的步骤从线粒体进入胞浆,生成异柠檬酸,其在IDH1的作用下再次生成α-酮戊二酸,因为这个过程与TCA的过程相反,所以叫做反向TCA循环。

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α-酮戊二酸通过IDH2生成柠檬酸(反向TCA)


(3)生理意义不同 
       细胞可以根据需要启动反向的TCA过程,如肿瘤细胞可依靠反向TCA,产生大量柠檬酸和乙酰CoA促进自身增殖[23];在耗能的状态下,某些微生物也可通过反向TCA来生成乙酰CoA,进而利用外界的CO
2重新缩合成丙酮酸,丙酮酸再转化为氨基酸、糖类和脂类,这是微生物在遇到高浓度的CO2时进行同化反应的适应性表现[24]。


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反向TCA循环图解(绿色标识)
 Cell Metab. 2021 Apr 6; 33(4): 804–817.e5.


乙醛酸循环

与哺乳动物的生糖过程不同,植物可以借助乙醛酸循环(Glyoxylate cycle)实现乙酰CoA到糖的转变。乙醛酸循环在乙醛酸循环体 (glyoxysome)中进行,该循环与TCA循环中的部分代谢酶(CS,ACO,MDH)相同,并存在着相同的中间产物,与TCA循环有着密切的联系。植物细胞可根据不同的生理状态做出不同的反应:如果机体需要能量,这主要通过TCA循环途径产能,若能量充足时,植物需要生长(种子发芽、形态建成)时,会进行乙醛酸循环来积累有机物质。 

乙醛酸循环会利用脂肪酸氧化分解产生的乙酰CoA,并在乙醛酸循环体内生成琥珀酸 、乙醛酸和苹果酸等代谢物。乙醛酸循环实现了脂肪到糖的转变,对植物的生长发育起着重要的作用。

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乙醛酸循环流程图解




小 结

       生命体无时无刻不在进行着新陈代谢,营养物质糖类、脂类、蛋白质则为机体的新陈代谢提供了良好的底物。机体的代谢途径普遍联系,相互偶联,达到了代谢分子循环再利用和代谢调控的和谐与统一。这得益于代谢途径中各种代谢中间物的共享,而真核生物线粒体中的TCA作为一种多能代谢途径,将代谢分子在彻底分解释放大量能量的同时,又能够产生代谢中间物被其他途径所共享,途经中的各种酶类保证细胞能量状态被精确的调控。

       综上,我们解析了TCA循环的过程与意义调控方式及与其他途径的联系代谢中间物的作用和与疾病的关联性等方面,TCA循环既错综复杂又经济和谐,不禁感叹细胞的精妙和生命的神奇~

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       都说TCA循环是个产能途径,产生了这么多的高能分子(NADH;FADH2),TA们后续会如何转换成 “通用货币”ATP的呢? 

别急,后面都会一一奉上,敬请期待~~~



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