整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（14）

（Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus）

法国巴斯德研究所等机构的Holtz等今年7月在国际权威科学杂志《自然通讯（Nature Communications）》发表研究论文（见参考文献），利用狂犬病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的狂犬病毒在国家之间的传播，产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。

现分若干次译介此文，供国内关心犬狂犬病流行和控制的各界人士参考。 

方法（目录，内容略）

1.数据集汇编(Data set compilation )

2.序列比对(Sequence alignment)

3.系统发生历史的评估、年代确定和分段采样（Phylogenetic estimation, dating, and subsampling）

3.1.所有狂犬病毒的序列(蝙蝠，臭鼬，犬)（All RABV sequences） (bats, skunks, canines)

3.2.犬病毒的序列（Canine sequences）

3.3.分段采样（Subsampling）

4.纯化选择模型（Purifying selection model）

5.系统地理重建与分段采样的一致性（Phylogeographic reconstruction and subsampling consensus）

6.区域和殖民历史上的祖先特征重建（Regional and colonization history ancestral character Reconstruction）

7.病毒引进事件的研究（Introduction event exploration）

8.报告总结(Reporting summary)

（全文完）

参考文献：

Holtz, A., Baele, G., Bourhy, H. et al. Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus. Nat Commun 14, 4247 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-39847-x 

本文全文的目录和各小节在本博客中的链接：

摘要，概述（1）

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（1） 2023-11-18

概述（2）

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（2） 2023-11-20

结果(1) 

1.RABV(狂犬病毒）序列与元数据（metadata）的采集和组成

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（3） 2023-11-23

结果(2)　

２．使用所有五个基因片段增加了系统发生信号和树-年代校准的精度 

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（4） 2023-11-25

结果(3)　

3.  分段采样方法为系统发生分析和年代确定增强了信心

4.   纯化选择和多样化选择对RABV（狂犬病毒）系统发生树年代确定的影响不大

5.  700年来由狗维持的狂犬病毒传播（700 Years of canine-maintained RABV spread）（１）

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（5） 2023-11-27

结果(4)　

5. 700年来由狗维持的狂犬病毒传播（700 Years of canine-maintained RABV spread）(2)

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（6） 2023-11-28

结果(5)  

 5. 700年来由狗维持的狂犬病毒传播（700 Years of canine-maintained RABV spread）(3)

（译者补充释疑：

　　很多文明古国如中国的历史典籍中都明确记载：当地从数千年前开始就一直有狂犬病流行。但对世界各地当前和近几百年来流行的犬和其他食肉动物中的狂犬病毒毒株的系统进化分析表明，这些病毒株共同的祖先只有几百年的历史，它们与蝙蝠狂犬病毒的共同祖先也只有一千多年的历史。

　　目前相关学术界一致认定：世界各国历史上更早出现的狂犬病毒全部都已自行灭绝，都早已终止了在世界各地的流行。而当前和数百年来在世界各国流行的狂犬病毒，都是在数百年前重新从蝙蝠传播到犬和其他食肉动物，然后再在世界各地重新传播开来。本文研究的就是近几百年来世界各地的狂犬病毒传播和演变的规律。）

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（7） 2023-11-30

结果(6)  

6.欧洲对外殖民进程可能促进狂犬病毒的传播

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（8） 2023-12-03

结果(7)　

7.经人类介导而传播的犬狂犬病毒的鉴定

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（9） 2023-12-05

讨论(1)

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（10） 2023-12-07

讨论(2)

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（11） 2023-12-08

讨论(3)

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（12） 2023-12-11

讨论(4)

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（13） 2023-12-13

方法（目录，内容略）

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（14） 2023-12-15