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整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（12）

已有 1634 次阅读 2023-12-11 01:52 |个人分类:狂犬病防治|系统分类:科普集锦

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（12）

（Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus）

法国巴斯德研究所等机构的Holtz等今年7月在国际权威科学杂志《自然通讯（Nature Communications）》发表研究论文（见参考文献），利用狂犬病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的狂犬病毒在国家之间的传播，产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。

现分若干次译介此文，供国内关心犬狂犬病流行和控制的各界人士参考。

讨论(3)

历史事件在RABV（狂犬病毒）扩散模式的形成中的作用是一个核心问题，但这个问题在很大程度上仍未能基于可测量的定量方法而得到解决。为了检验欧洲殖民进程对RABV在历史上的传播所起的作用，我们重建了犬类RABV的祖先在英国、法国、西班牙、葡萄牙和俄罗斯等殖民国家的传播场景(图5)。我们观察到一些明显的趋势：法兰西帝国与拉丁美洲的扩张有关，西班牙帝国与中美洲和南美洲的扩张有关，俄罗斯帝国与东欧和中亚的扩张有关。然而，大英帝国的影响在狂犬病毒的整个系统发生中是最主要的(图5)，并且是狂犬病毒大多数祖先节点的最可能存在的位置。这表明大英帝国在犬类传播到世界各地的过程中扮演了最重要的角色。它也是世界分支和北极分支(Cosmopolitan and Arctic clades)共有的最可能的亲本结点的位置(图5)，同时也是定义非洲-2分支的亲本结点的位置。进一步的调查可以包括当时的其他国际活动的参与者，例如荷兰东印度公司(DEIC;16和17世纪)的贸易网和中国明代(15世纪)的贸易船队。

事实上，DEIC可能与世界进化支（Cosmopolitan clade）的传播有关，因为北美引进的亲本的节点(1526-1598年)有两个分支:(1)假设1627-1683年在北美引进的分支，(2)假设1697-1752年在南非引进的分支。DEIC于1607年和1652年分别与美国和南非建立了贸易路线。狗被赋予了狩猎、斗狗表演和陪伴的功能，这可能加剧了狂犬病在世界范围内的传播。

同样，中国明代(15世纪)的郑（和）氏船队可以帮助解释RABV的传播：从1341 - 1443年间的一个较早的未明确的前辈节点传入亚洲东部(1524-1594年)、东南部(1553-1623年)和南部(1716-1799年)(图4a和补充表4)。郑氏船队在15世纪建立了贸易路线，经常在南亚和东亚以及阿拉伯海运输动物，可能将RABV引入东亚、南亚和东南亚。然而，尽管在1405年至1433年间建立了郑氏的贸易路线，我们并没有发现早期狂犬病从东亚传播到阿拉伯半岛和东非的证据(图4a)。

（未完待续）

参考文献：

Holtz, A., Baele, G., Bourhy, H. et al. Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus. Nat Commun 14, 4247 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-39847-x