新冠病毒基因组中328个核苷酸的缺失与减毒有关？

SARS-CoV（SARS病毒）在流行的中后期其基因组中会出现缺失。现在在SARS-CoV-2（新冠病毒）的基因组中也发现了类似的缺失。

SARS-CoV基因组的缺失发生在名为Orf8的为蛋白质编码的区域（第8开放阅读框）。最初曾认为这29个核苷酸的缺失在某种程度上参与了SARS-CoV对人类的适应。这一假设在随后的实验中被证明是错误的。实验表明，这29个核苷酸的缺失降低了病毒在许多不同类型细胞中的复制能力。换句话说，与含有完整Orf8的病毒相比，这种病毒的适应度降低了。

据今年3月11日新加坡的研究人员发表的论文（参见参考文献），具有382个核苷酸缺失的SARS-CoV-2，几乎将Orf8的整个开放阅读框都删除掉了。该病毒已从新加坡的8名住院患者中分离出来(如下图所示)。这些病毒似乎已经在新加坡传播了至少四周。

该论文的作者认为，这种缺失可能导致SARS-CoV-2毒力的降低。这一假设是基于细胞培养中缺乏Orf8的SARS-CoV的适应度降低。而且当时尽管SARS-CoV-2已经在新加坡传播了至少四周，但整个新加坡确诊病例的增长很缓慢，而且直到3月20日整个新加坡还未出现死亡病例。

今年1月23日检索2019-CoV(当时的SARS-CoV-2的名称)的基因组序列，表明当时所有分离毒株的Orf8都是完整的。如果该病毒随后在人类的传播过程中Orf8没有丢失，则疫情可能会更加严重。

迄今为止，SARS-CoV-2引起的大流行相当严重，全球的平均致死率约为6%。Orf8的缺失是否会降低该病毒对人类的毒性还不清楚。通过与SARS-CoV的类比，Orf8的缺失可能降低了SARS-CoV-2的适应能力，因此具有这种突变的病毒可能无法与该基因完整的病毒竞争。

Orf8删除的SARS-CoV-2尚未在新加坡以外的地方报告。在未来的病毒分离中，仔细观察基因组中的这一区域是很重要的。应当进一步确定发生了这种突变的病毒是否有能力在全球广泛传播，如果能广泛传播，则需要了解它是否伴随着毒性的减弱。

参考文献：

Discovery of a 382-nt deletion during the early evolution of SARS-CoV-2， Yvonne CF Su, et al.,　 bioRxiv 　preprint.　

doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.11.987222