博文

技术贴 | R语言：ggplot绘图的Y轴截断和拼接

已有 5290 次阅读 2021-5-7 08:30 |系统分类:科研笔记

导读

记录一个产生Y轴截断ggplot绘图的方法。先用coord_cartesian根据Y轴把图截断成上下两份，接着用ggarrange拼接到一起，实现去不要的部分

一、准备依赖包

ggarrange所需的ggpubr安装很顺利，但是ggpubr所需的tibble出现版本的问题，经卸载重装tibble搞定。

## ggpubr
# 1 普通安装
install.packages("ggpubr")
# 2 source安装
packageurl = 'https://cran.r-project.org/src/contrib/ggpubr_0.4.0.tar.gz'
install.packages(packageurl, repos = NULL, type = 'source')
# 3 版本信息
packageVersion("ggpubr")  # ‘0.4.0’
# 4 报错信息
library("ggpubr") # 载入了名字空间‘tibble’ 2.1.3，但需要的是>= 3.0.0
# 5 重装tibble
packageVersion("tibble") # 当前版本‘2.1.3’
remove.packages("tibble", lib="C:/Users/win10/Documents/R/win-library/3.6") # 卸载
install.packages("tibble", version="3.0.0") # 下载指定版本
# 6 搞定了
library("tibble")
# 7 再看版本
packageVersion("tibble") # ‘2.1.3’

# 其他依赖
library("ggplot2")
library("reshape2")
library("ggthemes")

二、模拟数据

a = sample(1:50, 50, replace=T)
b = sample(50:100, 50, replace=T)
c = sample(500:1000, 50, replace=F)
df = data.frame(a, b, c)
df$sample = paste("sample", 1:50, sep="")

图1

df2 = melt(df, by="sample")

640 (1).png

图2

三、未裁剪的原图

# 原图
ggplot(df2, aes(x=variable, y=value, color=variable)) +
  geom_boxplot() +
  theme_classic() +
  labs(x="Group", y="Value", color="Group") +
  geom_jitter(aes(fill = variable), width =0.2, shape = 21, size=2.5) +
  theme(legend.position = "none")

640 (2).png

图3

四、根据Y截取 -> down部分

coord_cartesian(ylim = c(0, 100)) # 根据Y截取图片：0-200部分

down <- ggplot(df2, aes(x=variable, y=value, color=variable)) +
  geom_boxplot() +
  theme_classic() +
  labs(x="Group", y="", color="Group") +
  geom_jitter(aes(fill = variable), width =0.2, shape = 21, size=2.5) +
  theme(legend.position = "none") +
  coord_cartesian(ylim = c(0, 100)) # 根据Y截取图片：0-200部分
down

640 (3).png

图4

五、根据Y截取 -> upper部分

coord_cartesian(ylim = c(500, 1000)) + # 根据Y截取图片：500-1000部分

upper <- ggplot(df2, aes(x=variable, y=value, color=variable)) +
  geom_boxplot() +
  theme_classic() +
  labs(x="", y="", color="Group") +
  geom_jitter(aes(fill = variable), width =0.2, shape = 21, size=2.5) +
  theme(legend.position = "none") +
  coord_cartesian(ylim = c(500, 1000)) + # 根据Y截取图片：500-1000部分
  scale_y_continuous(breaks = c(500, 1000, 250)) + # 以250为单位划分Y轴
  theme(axis.text.x = element_blank(), 
        axis.ticks.x = element_blank(), 
        axis.line.x = element_blank())
  # 去除X文本、刻度，坐标轴

640 (4).png

图5

六、ggarrange合并图

可调参数：高度宽度比、列数、行数、共用legend、legend位置、对齐方式（"none", "h", "v", "hv"）

ggarrange(upper, 
          down, 
          heights = c(2, 3), 
          widths = c(1, 1), 
          ncol = 1, 
          nrow = 2, 
          common.legend = T, 
          legend="none")