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技术贴 | Excel：手把手教你如何做扩增子菌群数据与表观数据相关性热图

已有 2829 次阅读 2021-5-5 14:39 |系统分类:科研笔记

本文由技均根据实践经验而整理，希望对大家有帮助。

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扩增子是一种较为经济的微生物测序方法，时常被广大科研工作者所选择。在进行数据分析时，需要将菌群数据与表观数据做相关性分析，来预测某种菌属与某种表观性状的相关性。热图可以通过Graphpad8.02以上版本来制作（版本以上自带热图、小提琴图制作），但缺点在于Graphpad制作的热图需要手动标上星号（当某种菌属与某种表观性状显著相关时记为*，极显著相关时记为**），当大量的菌群数据进行分析时，手动标*十分繁琐且极易出错。当然，我们也可以通过R语言编程来实现*与热图的自动匹配。
为方便讲解，本文以8种菌属 (g_Eubacterium_fissicatena_group等，具体见Excel附件“示例”) 数据和3个表观数据（A,B,C）为例，通过Excel进行相关性热图制作，适合编程语言零基础的科研人员。
文中提及附件和示例可联系文末的微生态老师免费领取！

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具体步骤如下：

1、整合数据→将数据导入SPSS分析软件→相关性分析→导出相关性分析结果到Excel

由于SPSS数据分析是科研人员基本技能，这里就不详细讲解，得到以下数据结果（图1）。

图1

2、整理数据→复制sheet两次（作为待修改sheet）

删除多余的重复数据，只保留相关性系数结果（图2）。复制两次该sheet（分别命名为“不带星号（已排序）”、“带星号（已排序）”）

图2

3、去星号（在Word里通过查找替换*，只保留数据）→sum计算（优化色块）→复制sum列,数值粘贴至“带星号（已排序）”

在“不带星号（已排序）”sheet下删除所有*（通过复制数据到Word，查找*，全部替换为空格，得到无星号的数据，全选复制回Excel，见Word附件1/图3，当数据很大时，必须通过Word的“查找替换”来删除*）。最右列插入sum函数，计算每一行的sum值(图4，必须先删除*，才能进行sum计算)。将sum列数值粘贴至“带星号（已排序）”(图5)

图3

图4

图5

4、扩展选定区域降序排列

先后在“不带星号（已排序）”、“带星号（已排序）”sheet下选中F列，扩展选定区域，降序排列（图6，图7）。

图6

图7

5、保留星号（在Word里通过查找替换，只保留*）→复制星号

在“带星号（已排序）”sheet下，复制带有星号的相关性数据，到Word，查找“^#”替换为空格，去掉所有数字，再查找“.”替换为空格，去掉所有“.”，再查找“-”替换为空格，去掉所有“-”。得到只含星号的数据，见Word附件2/图8。复制星号到“不带星号（已排序）”，可通过加粗、居中等方式调整*大小和位置（图9）。

图8

图9

6、变换热图→隐藏数据

选中“不带星号（已排序）”sheet下的相关性数据，点击条件格式，新建规则，格式样式（三色刻度），类型（数字，数字，数字。不能选最低值和最高值），值（-1，0，1），颜色（蓝，白，红），这样就建立了从最小值-1到0到最大值1的颜色对应渐变（图10）。你会看到相关性数字下面都有颜色，这时要隐藏数字，选中所有数字，设置单元格格式，自定义，将“G/通用格式”改成 “；；”，数字就隐藏了，此时双击可见数字（图11）。