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wien2k安装及联合xcrysden使用的坑

已有 4401 次阅读 2021-4-15 20:53 |系统分类:科研笔记

 wsl2图形界面实在是难装又难用,下面记录下用虚拟机安装wien2k-21.1版本过程。


  1. 安装虚拟机VMware15.5,密钥 CG392-4PX5J-H816Z-HYZNG-PQRG2。

  2. 虚拟机安装Ubuntu20.04。

  3.  虚拟机和主机文件互传。
      3a.Xftp方法:虚拟机ifconfig记录下IP,用Xftp输入IP, Ubuntu用户名及密码登录,传递文件。
      3b.共享文件夹方法:
      3b1.编辑虚拟机设置,选项,共享文件件,将主机D盘或者桌面文件选中 添加到文件夹共享里面
      3b2.卸载安装Ubuntu时自动安装的open-vm-tools. 该设置使得只能从主机往虚拟机拷贝,反向复制不   行。 sudo apt-get autoremove open-vm-tools
      3b3. 虚拟机里面点击重新安装VMtools,如果是灰色的选项,那么虚拟机DVD设置成自动检测,开机头几秒钟会变成黑色,点击重新安装,之后再Ubuntu下可以看到CDROM里面的自带vm-tools. 解压后root执行 ./vmware-install.pl 一路yes
     3b4. 主机,虚拟机重启。进入/mnt下可以看到hgfs文件夹,进去可以看到主机共享的文件件。
    (注,复制粘贴方法,折腾了很久无法实现ubuntu到win的复制,遂放弃。)

4. 安装Xcrysden.  xcrysden-1.5.60-linux_x86_64-semishared.tar.gz测试可以使用。
5. 安装intel 编译器和mkl库,parallel_studio_xe_2020_update1_cluster_edition
先安装依赖,sudo apt-get install g++, g++-multilib
环境变量设置~/.bashrc
source /home/zyguo/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /home/zyguo/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
source /home/zyguo/intel/impi/2019.7.217/intel64/bin/mpivars.sh intel64
6. VESTA 官网下载直接使用。
7. fftw3.8 
CC=icc F77=ifort MPICC=mpiicc ./configure --prefix=~/home/zyguo/work/fftw/fftw --enable-mpi CFLAGS="-gcc-sys"
make && make install
8. Wien2k, 解压,./siteconfigure_lapw, ./userconfig_lapw
9. w2web 释放端口命令查看端口PID:lsof -i:7890    kill -9 PID。 

10. 环境变量:

Ubuntu20-2021-04-15-13-06-21.png



xcrysden和w2web联合使用问题:
1. sudo apt-get install xcrysden 安装的xcrysden和xcrysden-1.5.60-linux_x86_64-semishared.tar.gz 有版本冲突, 如果用前着安装的话,后者无法运行并报出
./xcrysden: 163: .: Can't open /home/vampire/tools/XCrySDen-pre1.5bbin-static/scripts/xcLib.sh 错误。
https://pw-forum.pwscf.narkive.com/yZsIj1oQ/problem-of-xcrysden-launching

2. 如果用sudo apt-get install xcrysden安装的xcrysden 无法和wien2k的w2web联用,会出现点击view structure 无反应的情况。改回semishaed 版本,并在
bashrc中写入:export $XCRYSDEN_TOPDIR=/home/zyguo/xcrysden/xcrysden-1.5.60-bin-semishared
重启w2web 程序后xcrysden正常显示。
https://wien.zeus.theochem.tuwien.ac.narkive.com/ytjfLBqB/xcrysden-via-w2web
required X windows 并不是错误,许多人发现xcrysden不启动以为是这个错误,其实正常运行的也有这个显示。

 

第三方教程:

http://sites.science.oregonstate.edu/~tatej/COURSES/ph575/doku.php?id=xcrysden



https://blog.sciencenet.cn/blog-3463585-1282165.html

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