转眼已经到了2020年的12月，这魔幻的一年也总算是接近了尾声。然而新冠疫情依然在持续，也再没有人会说这次的病毒会“奇迹般地消失”。尽管如此，人们依然在探索着战胜疫情的道路，其中关键的一环（也是一直以来饱受争议的一环）就是病毒的起源问题。

在缺乏其他数据的情况下，使用系统发育方法，通过序列推断病毒株系之间的亲缘关系是进化生物学家常用的方法。然而，本月刚发表于《Molecular Biology and Evolution》中的一篇文章再次评估了使用这种方法为SARS-CoV-2定根的可靠性。

通常而言，关于SARS-CoV-2的系统发育树定根方法可分为（1）基于外群、（2）基于分子钟和（3）基于以上两种方法的综合。

基于外群是系统发育树定根过程中较为常用的方法。但是目前的数据中，与新冠病毒最为接近、可以用来作为外群的病毒为RaTG13（96.1%）和RmYN02（93.3%）。这两个病毒与新冠病毒整体的差异依然远大于新冠病毒内部的差异，因此建树过程中会受到长枝吸引效应（long-branch attraction）等因素的影响，导致定根的误差。

基于分子钟的定根方法则假设突变是以恒定速率发生的——对于病毒这种快速进化的生物而言，这样的假设可能过于理想化了。在暴发的早期，强烈的选择作用可能会导致病毒基因组的演化模式并不符合中性假设。另外，重组事件的发生也会导致定根的误差。

本文的作者使用了六种不同的定根方法构建了SARS-CoV-2的有根树，发现使用上述两种不同的方法得到了矛盾的结果，且都不具有统计学上的显著性。因此，如果希望能对SARS-CoV-2的起源和扩散过程有更准确的认识，除了系统发育方法之外，还需要结合多方数据。

参考文献

Lenore Pipes, Hongru Wang, John P Huelsenbeck, Rasmus Nielsen, Assessing uncertainty in the rooting of the SARS-CoV-2 phylogeny, Molecular Biology and Evolution, https://doi.org/10.1093/molbev/msaa316