(1)Migrate-n

    Programming language：Perl

    Reference:

        Estimation of migration rates and population sizes in geographically structured populations（NATO ASI SERIES A LIFE SCIENCES，1998）

        Maximum-likelihood estimation of migration rates and effective population numbers in two populations using a coalescent approach（Genetics，1999）

        10.1214/lnms/1215455552（ Lecture Notes-Monograph Series，1999）

        10.1073/pnas.081068098（PNAS，2001）

        10.1007/0-306-46900-6_10（Computational and Evolutionary Analysis of HIV Molecular Sequences，2002）

        10.1111/j.1365-294X.2004.02101.x（Molecular Ecology，2004）

        10.1093/bioinformatics/bti803（Bioinformatics，2006）

        10.1534/genetics.107.078931（Genetics，2007）

        10.1017/CBO9780511626920.004（Population Genetics for Animal Conservation，2009）

        10.1534/genetics.109.112532（Genetics，2010）

        10.1201/b16965-15（Bayesian Phylogenetics: Methods, Algorithms, and Applications，2014）

        10.1073/pnas.1810239116（PNAS，2019）

        10.1101/587832（BioRxiv，2019）

    Manual：https://peterbeerli.com/migrate-html5/tutorials.html

    Link：https://peterbeerli.com/migrate-html5/download.html

(2)NewHybrids

    Programming language：C，Shell

    Reference：10.1111/j.1365-294X.2005.02773.x（Molecular Ecology，2006）

    Manual：https://github.com/eriqande/newhybrids

    Link：https://github.com/eriqande/newhybrids

(3)parallelnewhybrid

    Programming language：R

    Reference：10.1111/1755-0998.12597（Molecular Ecology Resources，2010）

    Manual：https://github.com//bwringe/parallelnewhybrid

    Link：https://github.com//bwringe/parallelnewhybrid

(4)introgress

    Programming language：C，Shell

    Reference：

        ①10.1111/j.1365-294X.2009.04098.x（Molecular Ecology，2009）

        ②10.1111/j.1755-0998.2009.02733.x（Molecular Ecology Resources，2010）

    Manual：https://cran.r-project.org/web/packages/introgress/introgress.pdf

    Link：https://www.rdocumentation.org/packages/introgress/versions/1.2.3/topics/introgress-package

(5)ABBA-BABA

    Programming language：—

    Reference：10.1038/nature11041（Nature，2012）

    Manual：https://http://evomics.org/learning/population-and-speciation-genomics/2018-population-and-speciation-genomics/abba-baba-statistics/

    Link：—

(6)hybriddetective

    Programming language：R，C++

    Reference：10.1111/1755-0998.12704（Molecular Ecology Resources，2017）

    Manual：https://github.com/bwringe/hybriddetective

    Link：https://github.com/bwringe/hybriddetective

(7)HyDe

    Programming language：Python

    Reference：10.1093/sysbio/syy023（Systematic Biology，2018）

    Manual：https://github.com/pblischak/HyDe

    Link：

        ①https://github.com/pblischak/HyDe

        ②https://hyde.readthedocs.io/en/latest/

 (8)D3

    Programming language：Python，R，Shell

    Reference：10.1093/molbev/msz178（Molecular Biology and Evolution，2019）

    Manual：https://github.com/mhibbins/D3_introgression

    Link：https://github.com/mhibbins/D3_introgression

(9)PopCOGenT 

    Programming language：C++

    Reference：10.1016/j.cell.2019.06.033（Cell，2019）

    Manual：https://github.com/philarevalo/PopCOGenT

    Link：https://github.com/philarevalo/PopCOGenT

(10)EasyParallel

    Programming language：Python，Shell

    Reference：10.1371/journal.pone.0232110（PLoS One，2020）

    Manual：https://github.com/hzz0024/EasyParallel

    Link：https://github.com/hzz0024/EasyParallel

(11)Dsuite

    Programming language：C++，Python

    Reference：10.1111/1755-0998.13265（Molecular Ecology Resources，2020）

    Manual：https://github.com/millanek/tutorials/tree/master/analysis_of_introgression_with_snp_data

    Link：https://github.com/millanek/Dsuite