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题目:一维序列蛋白-配体预测亲和力 (余卓航讲)

已有 325 次阅读 2022-9-21 23:17 |系统分类:科研笔记

题目:一维序列蛋白-配体预测亲和力

主讲人:余卓航

地点:腾讯会议

时间:2022年9月22日下午2点

简介:蛋白质和配体可以结合起来,从原理上讲是分子和原子之间的相互作用力导致了两者可以形成一种稳定的结构,也就是系统自由能低。 然而,如果要从分子和原子角度直接计算这个亲和力,需要从“力学”出发,计算成千上万个原子和分子之间的相互作用力,更重要的是在计算之前需要测量出每个原子和分子之间的相对位置。蛋白质是由氨基酸序列构成的,实际上我们可以用算法,基于一维氨基酸序列(一级结构)实现类似的预测,这样的好处是,不用测量每个原子和分子之间的相对位置。

         在这个讨论班中,介绍一项工作的内容和结果,他们基于一级序列实现蛋白和配体的亲和力预测。介绍内容包括:数据集和模型输入,模型结构以及结果。

参考文献:[1]Wang, Kaili, et al. "DeepDTAF: a deep learning method to predict protein–ligand binding affinity." Briefings in Bioinformatics 22.5 (2021): bbab072.




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