“结合/组合/整合”及“分割”不是万能的，不是任何科技都可以使用此法进行研究，比如物理中的万有引力、广义相对论等，电路设计里的阻抗匹配、通带波纹等，这些问题就无法仅通过组合与分割原理从而解决之。当然，这不能说明系统的组合与分割原理毫无用处，只能说明其有一定的适用范围。可见，系统分合论是一件有用的法宝，但不是一把万能钥匙。

对于其实际之使用，首先要说，即使都是使用结合这个方法，也要看是什么跟什么结合。而这就要看你接触到的是什么，如果自己接触不到高端事物，自然也就结合不出水平。系统组合与分割问题亦与此类似。至于自己接触范围内之事物，也要合理才能相结合、组合或分割！而世上事物之间相结合、组合或分割不一定总有理，这其中即包括相互不协调的问题，如果解决不了之，不但不会提高效率，反而会使事物功败垂成，这是使用联合方法时应注意的一个问题。不论是社会管理方面，还是在工程设计方面，往往都是如此，前者有时是源于人的利益纠纷和体制不健全，后者则有时是源于产品兼容性问题。

此问题反映在医学上，即有联合用药问题。对患者联合使用若干种药物在治疗中很常见，但有些药物间有某些不利相互作用，如同时使用之，会导致强烈的副作用，从而影响患者健康。例如某药物会使另一药物代谢发生改变，使人体对其吸收过度等。所以联合用药时要注意其相互反应，不是什么药都可以混合使用，这亦证明了不是任何事物都可以相互结合。

结合另一需注意之处即是，有时其不同母本间差异性越小，进行其之成功概率越低，反之亦然。例如国内对开源操作系统之整合就不太成功，因为这些操作系统都是源于Unix，相互之间其实都是大同小异，自然也就不存在优势互补的意义。

再有一点即是，整合往往完整继承了父母本的特点，因为整合时，母本对象有什么特征，子代往往就会有什么特征，否则就无之。这样其好处是可集中若干产品的一切优点，至于其坏处则是母本没有的优点其子代有时也不会有，而且某些缺点也会被原封不动的继承下来。

对于组合，虽然世界上一切事物都是组合而成，但一切组合都为合理吗？答案为否，即只有一部分组合为可行！世界上的组合可能性有正确与错误之分，我们要寻找的是正确组合，对于错误组合则一定要避免其出现，这便是组合的合理性问题。发现正确的组合是突破，而能够确定某组合为错误也一样是突破，两者都需要。我们要正确积极的组合事物，而不能错误消极的进行之。从某种角度上也可认为，组合存在“和谐度”，只有“和谐度”高的组合才合理。

举一个简单的例子，对人来讲，面包可食，垃圾则不可食，二者做为食物组合就不和谐且不合理。同理，世界上还有很多可能之组合亦为邪恶有害，因而绝对不可行。虽然其也是“世界可能存在的组合”，但是必须被禁止从而不应存在！只有有益的组合才为可行。再以诗词为例，一一一一一、二二二二二、一二三四五、五四三二一、大大大大大、高高高高高，此类因重复而缺乏和谐感的句子不叫诗词。但对于计算机内存，其电路结构大量重复反而倒和谐。由此可见，任何组合都存在其“和谐度”，自然现象与社会现象皆是如此。组合“和谐度”高，能带来好的效果，反之亦然。

说起来，组合确应互补而非同质化，具体讲来，产业规划也罢，商家竞争也罢，其模式都有这个问题。一模一样的同质化经营范围，势必造成竞争，有时甚至会造成恶性竞争；而互补型的经营范围，则会形成完整之产业链，社会效应往往会更好。既然叫产业整合，同质化内容就该简并掉，同时通过互补式生产，建立服务覆盖面广泛之生态圈，这样才行，否则就不是真正之整合。对于计算机设计等领域，尤其如此，那些一模一样的Linux操作系统，都是同质化产品，而无任何互补性在其中。因此这是个不理想的现象，应改进之。

此外，要通过组合以优势互补固然听起来很好，但不懂科学的组合是一厢情愿，往往会失败，比如中国人培育出的物种——骡子。培养骡子之目的，听起来很好，骡子是马和驴的优势互补，比驴力气大，比马吃草要少。但恰是由于不懂医学，即中国的古人不知什么叫染色体，而马和驴的染色体对数不同，因此所有生出来的骡子都不孕不育。所以，想优势互补的组合是好的理想，但进行之要符合科学，否则就会出问题。可见“存在即为有理”并非一种正确的组合哲学原理！

不过，虽然有时“存在即为有理”不正确，但在科技文化上，其亦可体现为对老旧事物的挖掘再利用。对于一些过时的老技术以这种眼光看之，往往倒能找到挖掘改良的意义，老式文艺形式亦是如此。重新审视老事物，或可找到一些对今天生活所具有的意义，这同结合式“古为今用”原理相通。

有些组合只在想象中存在，而在真实世界中则不存在。比如，一个死去的人，不论你如何组合都组合不出来（即不会复生），因为这不符合科学规律。由于生命具有一过性，因此生命无法被重新组合出来。这之类的问题，即为只存在于想象世界中之组合。可见寻找可能之组合，也要符合科学依据才为可行，否则就不可行。