Alpha多样性（样本内多样性）

Alpha多样性是指一个特定区域或者生态系统内的多样性， 

常用的度量指标有Chao1 丰富度估计量（Chao1 richness estimator） 、

香农多样性指数（Shannon diversity index）、 

辛普森多样性指数（Simpson diversity index）等。 

计算菌群丰度：Chao； 计算菌群多样性：Shannon、Simpson。

Chao1 丰富度估计量 Chao1：是用chao1 算 法估计群落中含OTU 数目的指数，chao1 在 生态学中常用来估计物 种总数，由Chao (1984) 最早提出。Chao1值越 大代表物种总数越多。 计算公式： Schao1=Sobs+n1(n1- 1)/2(n2+1)

香农和辛普森多样性指数 Shannon-Wiener 曲线，是利用shannon指数来进行绘制的， 反映样品中微生物多样性的指数，利用各样品的测序量在不 同测序深度时的微生物多样性指数构建曲线，以此反映各样 本在不同测序数量时的微生物多样性。 当曲线趋向平坦时， 说明测序数据量足够大，可以反映样品中绝大多数的微生物 物种信息。 Simpson：用来估算样品中微生物的多样性指数之一，在生 态学中常用来定量的描述一个区域的生物多样性。Simpson 指数值越大，说明群落多样性越高。