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微生物基因组案例解读

Phylogenetically informative mutations in genes implicated in antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis complex

作者：Matthias Merker等

期刊：Genome Med

时间：2020.3.6

影响因子：10.675

DOI： 10.1186 / s13073-020-00726-5

主要方法：Illumina技术（MiSeq，NextSeq 500，HiSeq 2500）；耐药基因SNP系统发育树分析；MIC耐药性检测

研究思路：为了准确地解释基因型药物敏感试验（drug susceptibility testing，DST）的全基因组测序数据，需要全面了解结核分枝杆菌复合物（Mycobacterium tuberculosis complex，MTBC）中与抗生素耐药相关的基因的遗传变异的关系。该作者对405 个MTBC菌株进行了21种抗结核药物耐药性的92个基因的SNP检测，如下图所示分为了7 个进化分支，确定基因型与表型之间的关系。

MTBC phylogeny. ML phylogeny based on 42,760 SNPs from 405 genomes using a general time-reversible substitution model and 1000 resamples

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