1、网路图边界确定好再导出

Cytoscape作为一个绘图软件，一定会配备图片导出功能，但是和其他软件不同的是：Cytoscape的图片导出规则为“所见即所得”。

同样是一张网络图，若在导出之前其在绘图面板是这样放大展示，那么在对此图进行导出操作后，导出图片中的内容和在绘图面板中展示的内容是一致的。

（导出前在Cytoscape中展示的为局部）

（导出的图片也为网络图的局部）

这是由于Cytoscape不像AI、PS软件有明确的画板边界，没办法对整体网络图进行大小识别，所以在下一次导出之前，记得先在绘图面板中调整好要展示的内容，调整好再导出，否则一遍一遍的导出、调整很浪费时间。

（导出图形前现在绘图面板中预览一遍）

（所见即所得，完整的网路图导出）

2、节点上有非英字符，导出受限

在绘图的时候，可以根据期刊的字体需求相应修改网络图中的节点标签字体，但是节点上的文字字体和格式在进行导出操作的时候会出现变化。

Cytoscape软件导出网络图图片时，同时为我们提供了位图（png、jpg）和矢量图（pdf、svg文件）两种类型，位图的导出同样是“所见即所得”，软件中展示的字体、内容是什么样的，导出的图片的内容就是什么样的。

但是在导出矢量图的时候就要注意了，当我们修改了节点的标签字体后对网络图进行导出操作，会发现已经设置好的字体又变回了默认的状态；

尤其在节点标签的内容中存在非英文字符时，非英字符都会直接消失，很让人头大。

（在Cytoscape设置好字体：Times New Romen字体&存在非英字符）

（网络图导出后为矢量图后：文字的字体变化&部分字体消失）

如果大家出现了上述问题，一定要在图片导出设置框中查看下设置参数，是不是勾选了“Export text as font”选项，这个选项仅在导出网络图为矢量图的时候出现。

Export text as font是什么意思？你可以将它理解为软件在询问你是否导出字体转曲后的图片。如果勾选则认为导出的图片中的文字没有转曲，还是字体的格式，我们在AI中可以对其进行重新编辑。

（勾选了“Export text as font”导出的图片，文字部分可在AI中进行后续的编辑）

这其实也算是Cytoscape的一个小bug，在其对图片转换为矢量图并保存字体格式的时候（勾选Export text as font）就会出现文字缺失或者字体变换的问题。

如果不勾选“Export text as font”的话，那么导出的矢量图就不会出现上述问题啦~

（不勾选Export text as font，导出的矢量图）

但是，不勾选“Export text as font”代表着在导出矢量图的时候对文字进行了转曲，文字在图中是图形格式，就无法用AI进行后续的编辑了。

（不勾选“Export text as font”导出的图片，文字部分不可编辑替换）

3、网络图文字注释最好在AI中添加

Cytoscape有添加文字注释的功能，在网络图的空白出右击鼠标，选择“Text Annotation/Bounded Text Annotation”。

可以输入网络图的标题、节点重点注释等信息，但是Cytoscape当中对于注释文字的字体有限制，并且只能在设置字体大小为10-36字符。

如果我们画的网络图比较大，36字符大小的字体根本满足不了注释的需要，所以鉴于这个bug，还是在AI中为Cytoscape添加注释文本吧~

4、数据文件列名确定好再画图

Cytoscape可以导出图例大家还记得吗？我们在网络图中进行的所有mapping操作，都会生成对应的图例。

并且一般mapping操作都是根据列名进行识别，列数据进行映射的，所以这里面要提醒大家，在绘图的时候导入表格的时候列名一定要确定好，后续尽量避免修改，否则的话会造成原列原本设置好的mapping映射因为列名的更改而丢失，所有的mapping操作都需要重新进行设置。（别为我是怎么知道的！）

好啦，今天分享的4个网络图图片导出操作常见的雷坑就介绍完了，Cytoscape的使用技巧还有不少，下期绘图小课堂继续为大家盘，拜~