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使用MUMmer比对大片段序列

测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。但是1999年后，越来越多的物种全基因组出现，比如说在1999年出现了Helicobacter pylori的第二类菌株的基因组序列，就需要研究同一物种不同品系进化过程的基因组变化，比如说基因倒置现象。传统的BLAST/FASTA就用不了，就需要用到新的工具，这就是MUMmer出现的历史背景。

MUMmer使用方法

MUMmer的核心基于 Maximal exact matching 算法开发的mummer。其他工具(nucmer,promer,run-mummer1.run-mummer3)都是基于mummer的开发的流程。这些流程的分析策略分为三部：
    用mummer在两个输入中找给定长度的极大唯一匹配( Maximal exact matching )
    然后将这些匹配区域聚类成较大不完全联配区域, 作为锚定点(anchor)
    最后它从每个匹配外部扩展联配, 形成有gap的联配。