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Cytoscape五大功能总览,怪不得它这么火

已有 17004 次阅读 2020-10-13 10:37 |系统分类:科研笔记

好消息!密码子学院又有新课程出品啦!网络图绘制利器—Cytoscape软件现已上线,全套原价49.9元的课程既可付费学习也可领取优惠券免费观看

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Cytoscape软件全套课程链接

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大家好!我是五角星,欢迎来到科研绘图小课堂。

上回说到(超链接)Cytoscape一款开放原代码的网络图绘制与分析软件,功能强大并且对使用者的生信基础没有要求,对于大部分科研工作者来说非常友好。

那么这个软件究竟有哪些功能使其能受到如此多科研人的青睐呢?

1、网络图绘制及颜色填充、美化

网络图绘制是Cytoscape最基础的功能,只要在Cytoscape的菜单栏中导入构建网络所需的3类数据表格,即可完成对网络的构建。

image002.jpg

image003.png

并且Cytoscpe可分别对节点、边、网络进行参数设置,包括颜色、透明度、大小、形状等。

image005.png边.png

2、三大映射功能

在进行参数设置的时候,我们可以将节点、边统一的进行设置,也可以根据上传网络图数据的类型将数据个性化的赋予给节点与边:例如用网络图节点大小代表物种/基因/功能丰度,节点颜色代表不同的样本组,边的颜色代表相关性类型等等。

Cytoscape中的3种映射方式:Diecreat mapping、Passthrough mapping和“Continuous mapping”可以轻松的完成上述情况的展示。

3、多种排布方式可切换

Cytoscape为我们提供了多种网络图的排布方式,适用于不同类型的数据,以下为同一组数据不同的排布展示

image008.png

(applied preferred layout)

image010.png

(Circuar layout)

image012.png

(Attribute layout)

image014.png

(Layout-weighted spring Embedded Layout)

重来.png

(Compound spring Embedder)

4、数据筛选与计算

在Cytoscape主界面左侧控制面板中的“Filter”功能可实现对网络数据的过滤和筛选

image018.png

还可以对网络图中的某一列数据进行统计分析,并输出散点图、火山图、直方图来协助绘图者进行更细节的可视化分析。

image020.png

5、200余款插件满足功能拓展

Cytoscap中内含235个插件,可以协助使用者完成更深入的组学数据挖掘。

例如在进行基因富集分析是常用的 Enrichmeng map;进行蛋白质互作分析时使用到的 MCODE、CytoHubba、CytoNCA……

下表总结了在组学研究中常用的几种Cytoscape插件及其功能:

插件汇总.png


怎么样?是不是惊叹于Cytoscape有这么多的隐藏功能?总结来就是:美化分析两不误

所以不论你是正处于数据分析关键时刻的准毕业生,亦或是一名刚刚入学的科研小萌新,都建议你好好的学习这款提升论文档次的捷径软件~

所以,赶快扫描下方密码子学院二维码,选择“严选好课”,进行课程选择和学习吧~

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