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好消息!密码子学院又有新课程出品啦!网络图绘制利器—Cytoscape软件现已上线,全套原价49.9元的课程既可付费学习也可领取优惠券免费观看。
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赶快动起小手学习起来吧~ (•̤̀ᵕ•̤́๑)
大家好,我是五角星,欢迎来到本期的绘图小课堂。
大名鼎鼎的Cytoscape软件,是绘制网络关系图的高手,虽然Cytoscape名气大,但并不代表其使用难度高,今天我就带领大家好好认识一下这个软件。
Cytoscape一款开放源代码的网络图绘制与分析软件,可将复杂的文本数据通过网络图的形式展现,有着极强的数据表现力。最初是为生物学研究而设计的,现在已作为进行复杂网络分析和可视化的通用平台了。开发于2003,初代的0.8版本经过数十年已更新至3.8.0版本。在文章中出现频次较高的网络图大多出自该软件,并且通过网络图可以更清晰的展示数据之间的关联性。
Cytoscape受高分期刊认可吗?
从Cytoscape开发至今,由于其优越的功能,已有9000+篇文章使用了该软件。
仅2020年用其发表的SCI论文就有1437篇之多,可见这个软件超高的热度。
(DOI: 10.1038/s41598-020-70010-4 蛋白互作网络图)
(DOI: 10.1186/s12931-020-01445-6 蛋白互作网络图)
( DOI: 10.14814/phy2.14547 代谢物丰度网络图)
(DOI: 10.3389/fmicb.2020.01567 物种共线性网络)
并且Cytoscape软件的应用范围也极广,可实现微生物组、基因组、转录组、代谢组、蛋白组等多个组学中数据展示,几乎是高分文章必备了。
下表为近期使用了Cytoscape软件的高分文章:
网络图的优势在哪?
网络图的本质与venn这类展现组间关系的分析图没有区别,但是相较于venn图,网络图不仅可以直观的展示关联性,还能展示出更多的数据细节。
上手难不难?
下图是Cytoscape的主界面,和平常大家所用的软件类似,甚至简便于AI和PS。并且Cytoscpe对于使用者的生信背景没有任何要求,对大部分科研工作者非常友好,即便你刚刚从事科学研究,也可以轻松上手~
软件收费吗?
Cytoscape软件优秀的地方就在于此--免费、开源。登录Cytoscape官网,即可直接下载该软件最新版本安装包。
该软件是Java语言开发的,只需在使用之前配好Java环境就OK了。
不论你是正处于数据分析关键时刻的准毕业生,亦或是一名刚刚入学的科研小萌新,都建议你好好的学习这款提升论文档次的捷径软件~
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