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BRIG:比较基因组圈图展示神器

已有 7784 次阅读 2020-9-22 14:02 |系统分类:科研笔记

原核生物基因组比较结果可视化能够很好的展示同源关系较为密切的的物种基因组之间的差异。大量研究中，采用圈图展示基因组比较结果信息已经成为一种强有力的研究手段。如何直观地展示基因组结构之间的相似性呢？BRIG软件帮你轻松搞定。

BRIG是一款操作简单且功能强大的分析及可视化的软件，不需要复杂的命令行，属于图形化操作界面，对于用户友好，能够在一张图中展示近百个基因组扫描图或者完成图比较结果。

接下来让我们了解它的强大之处吧！

BRIG是由Java1.6编写的，使用BLAST（BasicLocal Alignment Search Tool）进行基因组的比对分析并使用CGView进行图像的生成。

1 软件的安装：（一定要先安装Java哦）

JAVA下载地址：

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html

BRIG下载地址：

http://sourceforge.net/projects/brig/

BLAST+下载地址：

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

BRIG软件解压后即可使用，JAVA和BLAST+则与其他桌面软件一样，简单安装后即可使用。

2 简单的应用:

2.1 所需的序列以fasta和gb格式为主哦，可以在NCBI上下载。

2.2 详细步骤：

2.2.1解压BRIG-x.xx-dist.zip，双击BRIG.jar，运行BRIG。通过Preferences>BRIG options，设置blast+软件路径，点击savesetting as default.

2.2.2 载入示例文件

选择载入参考基因组，设置输入文件夹和输出文件夹，单击Addto data pool将输入文件夹中的序列添加到BRIGdata pool，单击next。

2.2.3 设置环信息

设置每一圈信息Addnew ring添加圈，选中datapool中的数据，单击Adddata，添加选中的序列，之后添加注释信息,一般第三环是参考基因组pHNSHP45，Datashown on this ring里面也是相应的序列，这里要在第四环加上参考基因组pHNSHP45的注释信息，就直接省略了。

Data shown onthis ring

Ring1：GCContent GC Content

Ring2：GCSkew GC Skew

Ring3：PHSHH23-MRI PHSHH23-MRI.fasta

Ring4：pHNSHP45