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密码子偏好性分析利器—— codonW
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密码子偏好性分析利器—— codonW
本篇文章将同时介绍codonW在windows和linux两种系统下的版本安装和使用，二者的安装不同，打开方式也不同，但使用方法是一样的。
直接用conda安装，输入命令就可以。
conda install codonw
使用命令codonw，进入如下界面：
将待分析的fasta文件放到这个目录下（这点很重要）。
点击codonW.exe文件，会得到如Linux一样的界面：
到此就可以开始使用codonW了，
在 ->后输入 4 ：
进入分析选择界面：
在 ->后面输入12，全选所有分析，然后回车，会得到如下界面：
（tips：如果只想选某几个，可以输入前面的编号；或者只是不想分析哪个，全选后，再输入编号，那个分析就会取消选择。）
此时在 -> 后输入X，即回到初始菜单界面；
在->后面输入1:
进入新界面，在[input.dat]后面输入待处理的fasta文件名字，回车：
敲入自定义的输出文件名字，如果没有想好名字，可以直接回车，默认的名字是序列文件名字加.out，在输出文件存在时，它会询问你是否重写，默认重写，此处它会输出两个文件，.out和.blk：
回车，自动跳回主菜单，此时在 -> 后面输入R,运行代码：
此时会跳出命令，询问是否要输入自己CAI值，默认为n，我们不需要更改，一路回车。
一路回车，之后就会跳回主菜单，程序已经运行好了，这时千万不要直接关闭窗口，而是在->后面输入q，回车，以此来关闭窗口，否则，数据将不会写入输出文件。
到此，我们已经得到.out文件，打开文件夹，可以看到.out和.blk输出文件。
查看结果文件：
.blk
是各个氨基酸不同密码子的使用频次。
.out文件 各个参数的值。
这篇使用教程讲的详细一些，原因是西瓜子在使用的时候遇到了很多坑，可它的操作明明很简单，只是跑个流程的事。
我们的宗旨是让科研更简单，希望这篇文章可以让大家跳过这些坑，更方便的使用它完成密码子偏好性分析。
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