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[转载]MS--data文件

已有 3618 次阅读 2020-12-27 22:08 |个人分类:lammps|系统分类:科研笔记|文章来源:转载

1.从美国矿物数据库下载矿物CIF(有晶格)

2.晶胞CIF导入MS

3.选择display style中的ball and stick视图

4.手动指定每个原子力场类型

edit-atom selection-按元素选(比如选好H)——先选不用区分类型的元素,再逐一选其他元素

View-Explorers-Properties Explorer-Filter选atom-改Forcefield Type

对于要区分类型的,如ob与oh(与H连),atom selection时一个个按ctrl选择好,再设定forcefield type.

            

5.加键add bonds。高岭石只算了氢键,故edit-atom selection-选择H,再按下图加键。

6.扩胞

Build-symmetry-supercell

7.File- Export-选择car.cor格式(导出有两个文件)

8.在服务器账号里创建一个文件夹kao(文件夹名称一定要和你导出来的两个文件名字一样,区分大小写),将kao.car和kao.cor放进去

9.将frc_files放在kao文件夹同一级目录

10.进入工作目录kao         #msi2lmp.exe在珠海服务器node01已设置好环境变量

cd kao/

msi2lmp.exe kao -class I -frc clayff  -ignore > kao.data

生成后kao文件夹会有kao.data生成,可检查一下data力场对不对。

11.生成的data是没有电荷信息的,在in文件中设置,也需要平衡电荷,clayff力场中高岭石正好电中性。

 




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