一、序列处理

将所获得的序列在NCBI网站上进行ORF预测（网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/），然后选定目标ORF区并下载相应的蛋白序列，具体操作如下图1和图2。

图1

图2

在图2界面左下角点击smart blast（图3），可获得与目标蛋白序列比对相似度较高的其它物种的蛋白序列，勾选相应的参比蛋白序列，下载下来（图4）。

图3

图4

将目标蛋白序列与下载的参比蛋白序列全部整合到一个文本文件里，序列保持fasta格式。（我是在DNAMAN里进行的，将所有的序列复制粘贴进去，然后保存时选择保存为所有格式，之后用记事本打开即可。简单操作可直接复制粘贴到记事本里即可）。

二、查找motif

进入meme网站（网址：http://meme-suite.org/tools/meme），按下图5所标示步骤操作即可。注意：步骤2中选择的文本文件不能仅含有一个蛋白序列，至少需要两个序列，否则提交后会出现“序列太少”提示，网站将不查找。

图5

三、查找结果展示

点击邮箱中收到的链接便可查看查找结果，我打开的是以HTML格式展示的结果，如下图6所示。

图6

作者：沉_0cb2
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来源：简书
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