保守序列（Conserved Sequence ）：指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中的氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。摘自百度百科。

二、构建进化树过程中，为什么选择保守序列

在系统发育分析中需要构建系统发育树说明物种之间的进化关系，系统发育树的构建基于不同物种间的同源序列（同源序列是一段核苷酸序列），当不同物种间同源序列保守性较好时，此时，同源序列适合系统树的构建，也适宜系统发育分析。但是，并非基因的所有区域都以相同的速率进化，当某些部位的序列发散较为严重或者很多缺口（在实际序列比对过程中，缺口是较为常见的情况），此时，部分序列中含有较少的系统发育信息，这种情况下适合构建系统发育树进行系统发育分析。因此，在序列比对后（通过软件比对后，会出现很多gap或者有的序列较长）对序列进行修剪，即选择更加保守的序列进行系统发育分析。保守区选择主要用于优化多重比对质量。

Notes*:保守区的选择主要适用于信息位点足够多的序列，当应用于短序列比对时，可能会得到较差的结果。

三、保守区选择的方法

手动法：在数据比对之后，需要对gap或者两端的冗余序列进行处理，在序列较短的情况下，人为手动删除，调整，这个过程就是保守区的选择。手动法调整序列的一个不足是数据不具有重复性。

Gblock法：当序列较长时，一般使用Gblock进行处理。通过GBLOCKS工具选择序列的保守区，有在线版本和线下版本。

在线版本：http://www.phylogeny.fr/one_task.cgi?task_type=gblocks

支持的格式包括fasta, Phylip, Clustal, EMBL或者NEXUS格式的比对文件，这里可以直接上传文件也可以直接将序列粘贴。

这里可以设置参数，然后提交，系统一会就可以完成。

输出结果

本地版本：下载传送门，即GUI（Graphical User Interface），即有操作界面。

这里说明一下为什么已经有Online service，还有GUI，主要是因为Gblock服务器限制的问题，大数据无法进行线上操作。

一种方法是直接下载安装Gblock

第二种是使用PhylosSuite这个平台软件（刚出不久的国产软件，骄傲ing，是一个平台软件，里面集合了各种主流的进化分析软件的GUI使用），直接在里面可以安装，十分快捷。下载传送门

四、保守区选择和序列比对的顺序

相信很多初学者都会有这样的问题，对序列比对与保守区选择的先后顺序产生了疑问。从研究的目的出发，我们使用比对后的结果去构建进化树，即从比对后的序列中选择保守的序列区间去构建进化树，按照这个逻辑就是保守区选择是在序列比对之后，即比对之后，去除比对中出现的gap或者两端冗余的序列。

Notes*在知乎上发现一个非常有意思的话题：很多研究都集中在保守基因，但非保守基因却可能是一个物种之所以有别于其它物种的原因所在。这句话理解和逻辑是正确的，有一个回答也很有意思：从进化的角度看，那些在种内保守，近缘种间发生大的或者关键性突变的基因更有意义。(话题传送门)

References:

• Castresana J. Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis[J]. Molecular biology and evolution, 2000, 17(4): 540-552.

• http://www.doc88.com/p-5751706919008.html

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