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ModelGenerator是目前唯一一款可以同时支持核苷酸(56种)和氨基酸(96种)替代模型的选择,且 ModelGenerator 以快速著称,尤其适用于大数据。
官方网站: http://bioinf.nuim.ie/modelgenerator/
运行环境:java + Jdk
下载地址:http://bioinf.nuim.ie/wp-content/uploads/2011/09/modelgenerator_v_851.zip
【操作】
1. 从官网下载 ,并解压缩本地计算地目录下,如:D:BiosoftsModelgenerator
2. 在Windows的“开始”菜单输入“cmd”回车,通过命令行将当前目录切到Modelgenerator所在的目录下( 如 D:BiosoftsModelgenerator):
3. 运行的命令行如下:java -jar modelgenerator.jar PVYP1.fas 4
注:
PVYP1.fas 为比对后的序列文件,可以fas格式,也可以是Phyip格式;
4为 Gamma 分布类别数(num_gamma_categories)
4. 结果解读:
运行结束后,目录下会生成一个 modelgenerator0.out 文件,可以用记事本类工具I打开,基于AIC标准,示例数据的最佳模型为GTR+G,如下图。
【注意】
1.当处理大数据遇到内存不足时,可以加 java的 -Xmx 参数来运行,如 java -Xmx200m modelgenerator.jar PVYP1.fas 4 (内存值可根据实际调整)。
2.当不同选择模型软件得到不同模型及参数时,推荐优先选择由Modelgenerator得到的模型及参数,如下图所示:
(E.M. Goss, J.F. Tabima, D.E. Cooke, S. Restrepo, W.E. Fry, G.A. Forbes, V.J. Fieland, M. Cardenas, and N.J. Grunwald. The Irish potato famine pathogen Phytophthora infestans originated in central Mexico rather than the Andes. PNAS, 2014.)
本文来自高芳銮科学网博客,链接地址:http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-804509.html
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