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[转载]图解核苷酸替代模型的选择 - ModelGenerator 篇(By Raindy)

已有 2825 次阅读 2020-6-10 08:03 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

ModelGenerator是目前唯一一款可以同时支持核苷酸(56种)和氨基酸(96种)替代模型的选择,且 ModelGenerator 以快速著称,尤其适用于大数据
  
官方网站: http://bioinf.nuim.ie/modelgenerator/
  运行环境:java + Jdk
  下载地址:
http://bioinf.nuim.ie/wp-content/uploads/2011/09/modelgenerator_v_851.zip

【操作】
  1. 从官网下载 ,并解压缩本地计算地目录下,如:D:BiosoftsModelgenerator

  2. 在Windows的“开始”菜单输入“cmd”回车,通过命令行将当前目录切到Modelgenerator所在的目录下( 如 D:BiosoftsModelgenerator):



  3. 运行的命令行如下:java -jar modelgenerator.jar PVYP1.fas 4
注:
  PVYP1.fas 为比对后的序列文件,可以fas格式,也可以是Phyip格式; 
  4为 Gamma 分布类别数(num_gamma_categories)



  4.  结果解读:
  运行结束后,目录下会生成一个 modelgenerator0.out 文件,可以用记事本类工具I打开,基于AIC标准,示例数据的最佳模型为GTR+G,如下图。



【注意】

  1.当处理大数据遇到内存不足时,可以加 java的 -Xmx 参数来运行,如 java -Xmx200m modelgenerator.jar PVYP1.fas 4 (内存值可根据实际调整)。

   2.当不同选择模型软件得到不同模型及参数时,推荐优先选择由Modelgenerator得到的模型及参数,如下图所示:

(E.M. Goss, J.F. Tabima, D.E. Cooke, S. Restrepo, W.E. Fry, G.A. Forbes, V.J. Fieland, M. Cardenas, and N.J. Grunwald. The Irish potato famine pathogen Phytophthora infestans originated in central Mexico rather than the Andes. PNAS, 2014.)

本文来自高芳銮科学网博客,链接地址:http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-804509.html 




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