在做蛋白质组学的分析过程中，数据库的下载是一个不能忽视的问题，如何下载数据库呢？

我们通常用到的数据库有两个，一个是uniprot，应用广泛；另一个是NCBI。Uniprot意为universal proteind，由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大数据库集合而成，数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列。它包含了大量来自文献的蛋白质生物学功能信息，也是目前蛋白质组学文章中使用最广泛的公共数据库。

以鸡（Gallus gallus）为例进行数据库下载。

Uniprot蛋白质组学数据库下载：

1.进入uniprot网站（https://www.uniprot.org/），点击Species

2.输入Gallus gallus，点击search，找到Reference proteomes，点击Entry ID

3.点击View proteins

4.点击Customize columns，增加Gene names(primary)和Gene ontology IDs两个选项，点击Save

 5.点击Download，在弹出对话框中根据需要选择TSV/EXCEL/FASTA格式，此处选择TSV格式（可用EXCEL打开）

模式物种或有基因组注释的物种可以用上述方法，无基因组注释的物种需要用蛋白序列进行比对，以预测其功能并进行注释，可以用EggNOG，参考视频教程https://www.bilibili.com/video/BV1wP411H7hi/?spm_id_from=autoNext&vd_source=65b306a2187a04d30391a223a23a1efa

NCBI蛋白质组学数据库下载：

1.进入NCBI首页（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），选择Taxonomy

2.输入Gallus gallus，点击search，弹出下框，点击protein

3.点击左边栏目中的RefSeq

4.从Send to下拉菜单中选择保存格式，然后Create File，保存文件。

熟悉生信分析的同学当然知道如何利用，我这里仅介绍其中一个方法，即利用TBtools软件上的本地Blast工具进行比对，本部分内容参考软件开发者陈程杰老师的推文https://www.bilibili.com/read/cv13673278/

参考百度文库https://wenku.baidu.com/view/a2a84921a46e58fafab069dc5022aaea998f41de.html?_wkts_=1677579164430&bdQuery=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E7%BB%84%E5%AD%A6%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E7%9A%84%E4%B8%8B%E8%BD%BD