chinesehugh的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chinesehugh

博文

基因功能注释( GO / KEGG / PFAM)和富集分析

已有 3010 次阅读 2023-2-21 17:46 |系统分类:科研笔记

基因功能注释和富集分析基本上是生信分析的标配,一般测序公司能够给出满意的分析,如果想自主分析,利用某些云平台如OE/JDO等也能方便地对模式物种或某些常见物种进行操作。不过我其实一直有个疑问,基因GO/KEGG注释的背景文件是如何获得的?可靠性如何?某些审稿人其实也提出过这种疑问,要求给出解释,虽然不是很严格,有时稍微解释一下就过去,毕竟后续的富集分析也只是一种预测。

如果对公司提供的背景文件不太认可,可以尝试用DAVID等在线富集分析工具进行(在我的一篇富集分析博文里提到)。今天看到TBtools设计者陈程杰利用eggNOG-mapper获取基因注释文件,感觉不错,现在转发一下!

这是陈老师写的第一个版本,http://www.360doc.com/content/21/0803/12/76361972_989333674.shtml

后来陈老师在TBtools上加了一个转换器,方便将eggNOG-mapper的结果文件提取出来,以便利用TBtools进行富集分析,全文如下,https://www.jianshu.com/p/65c8e863e47c

不过,对于我们来说,还有一些不方便,就是eggNOG-mapper需要输入蛋白序列,如何将我们转录组获得的基因列表转换为蛋白序列?能否有软件直接对某一物种进行转换工作?期待着~~~,或者有高手给我指导一下,感谢!!




https://blog.sciencenet.cn/blog-3431904-1377303.html

上一篇:怎样自主进行基因GO/KEGG富集分析?
下一篇:NCBI是如何对基因和转录本编号的
收藏 IP: 223.104.195.*| 热度|

2 李升伟 许培扬

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (7 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-29 02:34

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部