基因功能注释和富集分析基本上是生信分析的标配，一般测序公司能够给出满意的分析，如果想自主分析，利用某些云平台如OE/JDO等也能方便地对模式物种或某些常见物种进行操作。不过我其实一直有个疑问，基因GO/KEGG注释的背景文件是如何获得的？可靠性如何？某些审稿人其实也提出过这种疑问，要求给出解释，虽然不是很严格，有时稍微解释一下就过去，毕竟后续的富集分析也只是一种预测。

如果对公司提供的背景文件不太认可，可以尝试用DAVID等在线富集分析工具进行（在我的一篇富集分析博文里提到）。今天看到TBtools设计者陈程杰利用eggNOG-mapper获取基因注释文件，感觉不错，现在转发一下！

这是陈老师写的第一个版本，http://www.360doc.com/content/21/0803/12/76361972_989333674.shtml

后来陈老师在TBtools上加了一个转换器，方便将eggNOG-mapper的结果文件提取出来，以便利用TBtools进行富集分析，全文如下，https://www.jianshu.com/p/65c8e863e47c

不过，对于我们来说，还有一些不方便，就是eggNOG-mapper需要输入蛋白序列，如何将我们转录组获得的基因列表转换为蛋白序列？能否有软件直接对某一物种进行转换工作？期待着~~~，或者有高手给我指导一下，感谢！！