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教你怎么查基因启动子和转录因子结合位点

已有 1242 次阅读 2021-10-26 17:36 |系统分类:科研笔记

想做Luciferase、点突变、截短、ChIP,不知如何入门,转录因子与promoter结合位点不知道怎么找?看完这篇文章轻松拿下~

 

基础知识:

启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。一般选择CDS区上游2 kb

UTRUntranslated Regions):即非翻译区,是信使RNAmRNA)分子编码区(CDS)两端的非编码片段。

5'UTR: 从mRNA起点的甲基化鸟苷酸帽延伸至AUG起始密码子,3'UTR: 从编码区末端的终止密码子(UAG, UAA, UGA)延伸至PolyA尾。

 

1.png


2.png 



一、查找基因的启动子区域

1. 打开NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2.选取【Gene】,在旁边输入IL17A,点search,根据物种进行选择,我们以人源[Homo sapiens (human)]为例

 0.png


3. 下拉至下图位置,可以看到这个基因的信息:

3.png

 

Tools,选择Sequence Text View,还可以看到序列信息:

4.png

5.png

 

4. 上面的部分只是该基因的一些信息,可以用来查找相应的UTR等区域,接下来我们进入正题,寻找promoter区域。把网页拉到如下图位置,点击FASTA

6.png

 

5. 基因位置信息如下图:

7.png

 

6. 一般认为:基因上游2 kb区域为该基因的promoter区域,所以我们将基因上游的2 kb序列先调出来:

8.png

复制上述序列,这就是基因的启动子序列了。

 

二、转录因子结合位点的预测

1.打开网址:https://jaspar.genereg.net/,在搜索框里输入转录因子NFAT,点击Search

 9.png

2.选择一个或多个ID文件,在SCAN序列框中输入FASTA格式文件(注意包括>后面的信息

 10.png


3. 得到27条转录因子NFATIL17A的结合位点,Strand -没有特殊意义,选择Strand +即可。JASPAR数据库检索出的结合位点来源于已发表的ChIP实验等,主要特点是开源、非冗余和质量。

 11.png


4. 好了,转录因子与promoter结合位点已经有了,接下来就是愉快的实验验证了! Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了!

 

 

参考https://www.sohu.com/a/372441469_120325361




https://blog.sciencenet.cn/blog-3431904-1309566.html

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