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单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,这就是SNP。
由于SNP在人类基因组中数量较多,发生频率较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点,有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病。因此被认为是继微卫星之后的新一代遗传学标记,在医学遗传学、药物遗传学、疾病遗传学、疾病诊断学、以及人类进化等研究领域都有着很高的研究价值和应用前景。
Taqman-MGB探针法SNP分型:
以SNP分型检测为例,在PCR过程中,两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。当探针以完整形式存在时,由于能量共振转移,荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因杂交后,DNA聚合酶发挥5’外切酶活性,把报告荧光基团切割下来,从而发出荧光;而SNP探针的错配形式不会引起切割,无荧光信号。MGB分子结合到DNA螺旋小沟,通过稳定MGB探针/模板提高杂交稳定性,使短至13个碱基的探针获得高错配区分辩别能力。MGB探针包括一个不发荧光的淬灭基团(NFQ),极大消除传统淬灭基团产生的背景荧光,提高信噪比,从而提高检验灵敏性。
技术优势:
1. 采用最先进的QuantStudio 6 Flex、ABI 7900HT系统采用激光扫描并激活96/384孔板每个反应孔的荧光染料,荧光信号通过光栅分光,经过分离的多色荧光同时到达CCD摄像机,实现多色荧光同时检测。
2. 采用ABI 专利技术的TaqMan-MGB探针:MGB探针包括一个不发荧光的淬灭基团(NFQ),极大消除传统淬灭基团产生的背景荧光,提高信噪比,从而提高检验灵敏性,另外MGB(小沟结合物)增加Tm值,使探针设计产度缩短至约15bp,提高了探针设计的灵活性。
技术特点:
1. 适合位点少,样本通量高的检测,每个位点需要合成一对探针,探针合成费用高,样本量越大成本越低;
2. 应用QuantStudio 6 Flex、ABI7900定量PCR仪进行定量检测;
3. 操作简便,只需一步 PCR 反应,无须纯化和预处理,直接上机检测;
4. 结果清晰,软件分析结果界面友好,标出每个样本的基因型及荧光强度,非常直观;
适用范围:
特别适合位点数量比较少,样本数量超过1500例以上的SNP分型,样本数量越多成本越低。
摘自Genenode君诺德公司张昌源
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