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详细步骤-转录组数据上传SRA数据库

已有 16032 次阅读 2020-3-10 15:44 |个人分类:详细步骤|系统分类:科研笔记| 转录组, SRA数据库

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(网站打开速度很慢

Submit

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SRA database

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Step1

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Step2

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Step3

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Step4-依据自己样品选择类型

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Step5-先下载网页上的文件-填写后上传附件

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注意:(1)sample name:我用了数字进行分类后才成功的,若大家上传不成功并显示是因为identical attribute,也可以尝试在名字前面加一下数字;(2)organism是物种阿拉丁文形式。


10.png

                            Model.organism.animal.1.0文件上传

Step6-先下载网页上的文件-填写后上传附件

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注意:里面很多信息可以从测序公司给的method中获得,一般单端测序一个文件,双端测序会有两个文件,filename一定要和上传文件名字一模一样,不然下一步上传无法识别。


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                          SRA_metadata.xlsx文件上传

Step7

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Step7-利用Aspera快速上传文件

详细步骤件word附件中 建议使用这种方法 速度非常快

Step7.docx



Step8-检查并上传

15.png

submit之后SRA accession会通过邮箱发至邮箱,并会附上release后网址,

若需要reviewer link可通过邮件获取。



https://blog.sciencenet.cn/blog-3429515-1222780.html

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