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QIIME2 处理数据报错[Errno 28]的处理方法

已有 1641 次阅读 2023-2-18 00:06 |个人分类:牢骚|系统分类:科研笔记


这两天帮博士生处理肠道菌群数据,出现了空间不足的报错。

微信截图_20230217235850.png

很明显,是tmp文件夹出现了满额情况。

微信截图_20230218000301.png

通常,我们用export设定一个新的环境变量就可以了,但这次不好使,设置完了仍然会存储到根目录。

(qiime2-2022.8) zhhq@zhhq-Precision-7920-Tower:/home/sdc/LX$ export TMPDIR='/home/sdc/tmp'

(qiime2-2022.8) zhhq@zhhq-Precision-7920-Tower:/home/sdc/LX$ source ./bashrc

网上查阅了相当多的资料,都不能解决问题,开始运行后数据仍然会存储到根目录下的tmp。

我突然意识到,可能是新设置的环境变量目录缺少读写权限,于是加了一个指令:

(qiime2-2022.8) zhhq@zhhq-Precision-7920-Tower:/home/sdc/LX$ sudo chmod 1777 /home/sdc/tmp

再运行数据导入命令,瞬间正常了。

微信截图_20230218000237.png


这个问题,如果没有Linux的基础知识,是很难解决的。

所以打好基础很重要,只有知其然,才能解决知其所以然的情况。

现在很多学生都不愿意静下心来好好学习基础知识,尤其是我们做中医理论研究的,必须一本一本去读书,这样才能发现新知,才能有收获,才能碰撞出火花。但是,学生们大多喜欢靠检索数据库来获取“快捷”的文献资料,这显然是只能浮在表面,没有办法做出真正深刻的研究来。




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