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2022年9月6日晚,国际学术期刊Cell Reports在线发表了西湖大学申恩志团队与美国麻省医学院克雷格·梅洛(Craig C. Mello)团队题为“A family of C. elegans VASA homologs control Argonaute pathway specificity and promote transgenerational silencing”的研究论文。
在不同的动物体内,生殖细胞内的Argonautes蛋白与小RNA(19-32个核苷酸的核糖核酸)形成基因沉默复合物,影响着不同基因表达的表观遗传学调控,在动物体的生理和病理过程中发挥重要作用。其中,在模式动物—秀丽隐杆线虫体内,与PIWI Argonaute蛋白结合的小RNA piRNA,及其启动的次级小RNA 22G (与WAGO和CSR-1 Argonaute蛋白结合),一起协同调控重要基因的跨代沉默。目前,关于这些PIWI-piRNA复合物,如何在特异基因上、大量激活次级22G RNAs的分子机制尚不清楚。
最新这项研究结果表明,RNA解旋酶GLH蛋白家族在piRNA特异沉默基因过程中发挥重要作用。一、GLH蛋白在piRNA启动次级沉默信号22G RNAs中,起到重要促进作用。二、GLH-1解旋酶的ATP结合位点突变,能够抑制piRNA调控的跨代基因沉默和22G RNA的产生。三、GLH蛋白家族成员之间,以补偿和竞争性方式,共同参与piRNA沉默基因表达的特异性。例如,GLH-1蛋白的缺失会诱导piRNA在错误的mRNA targets上产生过量的22G-RNA。
首先通过PIWI Argonaute 蛋白PRG-1和Argonaute蛋白WAGO的免疫共沉淀偶联质谱鉴定蛋白实验方法,研究人员鉴定到16个与这些Argonaute蛋白相互作用的蛋白质。随后,通过基因沉默荧光报告子并结合RNAi干扰筛选方法,对编码这些蛋白的基因表达进行干扰,研究人员鉴定到GLH对报告子荧光的表达至关重要。小RNA的深度测序实验,揭示GLH对22G RNA的产生非常重要,并且GLH家族成员之间的促进小RNA产生的作用存在部分冗余。
有趣的是,GLH-1的基因敲除虽然可以抑制大量的次级基因沉默信号分子22G RNA的产生,但是同时也能够引起其它GLH在非沉默基因上产生一些新的22G RNA,导致基因表达紊乱,使动物体难以维持跨代性的基因表达保真性。另外,生化实验也揭示了GLH是一个ATP依赖的方向性RNA解旋酶。
该工作可能支持这样一个模型,PIWI Argonaute蛋白PRG-1与piRNA复合物 或者WAGO Argonaute蛋白与22G RNA复合物对靶向基因的结合可以招募GLH蛋白,在ATP水解的作用下, GLH蛋白的解旋酶活性参与结合的复合物解离,从而允许RNA依赖的RNA聚合酶开启RNA的合成,最终产生大量的反义链22G RNA分子, 参与基因的沉默。
总而言之,我们的发现揭示了RNA解旋酶在秀丽隐杆线虫中,参与小RNA特异调控基因表达过程,对基因表达的稳态平衡和跨代保真起到重要作用。
相关论文信息:
https://doi.org/10.1016/j.celrep.2022.111265
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