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XCLASS化学分子处理软件Linux/MacOS系统的安装

已有 2875 次阅读 2021-7-31 03:07 |个人分类:软件|系统分类:科研笔记

    随着CASA (Common Astronomy Software Applications) 的兴起,射电天文数据处理逐渐趋于统一化、标准化,一方面数据格式以FITS (Flexible Image Transport System)文件一家独大,其他数据格式都纷纷选择提供能够转到FITS格式数据的方式,而软件也逐渐朝着CASA这类有着大团队、大资本的,并且长期更新的软件靠拢。因此做射电天文数据,即便你不使用ALMA、VLA这类干涉阵列,你仍会需要学习CASA基本操作。

    对于研究天体化学的人来说,尤其是近些年来干涉阵提供了高空间、高频率分辨率观测数据,对于研究小尺度的、小结构的分子化学提供了前所未有的优质数据。化学分子跃迁谱线作为镶嵌在第三维频率空间(前两维度是空间平面的)上的“宝石”,让我们从多角度了解观测的天体。

    但是对于研究化学分子的人来说,一方面化学分子繁杂而难以记忆,尤其对于大部分研究天体物理的人来说,并没有很浓厚的化学分子背景。因此,学习如何处理化学分子谱线,并从中提取重要信息需要有一些成熟完善的软件协助完成,而XCLASS (eXtended CASA Line Analysis Software Suite) 则是这样一个CASA的插件,其工作在CASA环境下,作为化学工作者的利器,不仅提供了完整、定期更新的实验室分子谱线,而且提供分子的多波段、多窗口拟合。下面我们介绍一下如何在Linux以及类似Linux系统(包括MacOS系统)安装XCLASS:

    首先我们需要在Linux和CASA系统里安装CASA,目前CASA的帮助手册都做的很好,因此我们在此不再赘述,CASA的安装详见官网:https://casa.nrao.edu/casadocs/casa-5.5.0/introduction/obtaining-and-installing

    接下来我们默认读者已经顺利安装CASA,并且已经在系统路径中加入了CASA的同名链接,即在终端输入"casa"可以直接打开CASA。我们在XCLASS官网:https://xclass.astro.uni-koeln.de/Download  下载对应电脑系统、版本的XCLASS压缩包。在下载XCLASS的路径下解压缩这个压缩包:

$ unzip XCLASS-Interface_your_version.zip

然后进入XCLASS-Interface的文件目录:

$ cd XCLASS-Interface_your_version

在文件目录中你会发现有两个Python脚本,其中一个名为install-in-casa.py的脚本是用来安装XCLASS的核心脚本,起需要使用Python2来运行,但是记住你需要在Python2里面安装astropy等包。

    但是,对于常Python3的用户来说略有不便。一方面大部分人的Python2可能只是系统自带,而随着Python3流行,Python2已经很少人使用,因此安装一些包也存在需要重新安装,甚至对于Python2没有更新的兼容性问题,因此,我针对这部分常用Python3,打开终端输入python蹦出来就是python3的用户写了一个python3的install-in-casa.py脚本,在Github上:https://github.com/XFengwei/python-code/blob/master/install-in-casa.py 同时也欢迎大家给我一个star。

    下载好这个py脚本之后,只需要在终端运行:

$ python install-in-casa.py --mpi

    这时候电脑经过10分钟的发热,你就会看到XCLASS假惺惺地告诉你安装成功,请在CASA里查看XCLASS命令。但是XCLASS的最大弊端是即便遇到了错误,它也不会报错而中断,而是会运行到最后,因此我们最好翻看一下前面运行的一大堆令人恼怒的终端历史记录,主要寻找关键词:java

    没错,XCLASS作为古老的软件,在Java还未衰败的时候就出现了,现在linux或者新版的mac电脑都没有可用的Java包,而你应该也会碰到在浏览网页的时候,系统还会提示你需要安装Java才能看到的视频、GIF等情况。不论如何,你需要手动的安装一个集合了java的包,openjdk,在Linux系统下你只需要:

$ sudo apt-get install openjdk-8-jre

而在mac下你可能需要借助Homebrew的帮助下载

$ brew install openjdk-8-jre

如果没有Homebrew的可以直接参考这个非常用户友好的网页:https://brew.sh/

安装好Java包之后,你可以重新运行一遍:

$ python install-in-casa.py --mpi

最后,如果终端没有再报Java的包,系统应该会提示你对系统路径进行修改,只需要修改.bashrc文件即可。Linux可以使用gedit修改.bashrc文件,mac系统只能使用vim,在.bashrc文件路径中添加:

ulimit -s unlimited
export KMP_STACKSIZE='4999M'
export OMP_STACKSIZE='4999M'
export GOMP_STACKSIZE='4999M'

大功告成!



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