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#使用ggplot2包绘制物种丰度直方图
#首先安装ggplot2包,并载入
install.packages(ggplot2)
library(ggplot2)
#OTUs相对丰度矩阵表(以97%的相似度为聚类阈值的分析结果)
#安自己的实验设计整理,第一列是行名(row.names=1)(#门水平top10,others是将剩余低丰度门的进行#了求和)
#读取数据
sss<-read.csv("sptop10.csv",row.names=1)
#使用factor()函数,并指定levels选项进行排序(这个levels和表格里面的level没有半毛钱关系,它是factor()函数里的一个参数)
sss$level<-factor(sss$level,levels=c(“Robinia”,“Clover”,“Control”,“In-situ”)) #设置顺序
sss$sample<-factor(sss$sample,levels=c(“1”,“2”,“3”)) #设置顺序
#设置了一个颜色向量colors
colors<-c("#984EA3","cyan3","brown3","burlywood2","darkorange","chartreuse4","darkseagreen",
"dodgerblue4","gold","darkolivegreen3","grey50") #颜色
#绘图
#aes()函数的功能是指定每个变量扮演的角色,这里变量sample的值映射到沿x轴的距离上,变量value的值映#射到沿y轴的距离上。
#ggplot()函数指定要绘制的数据源和变量
#几何函数geom_bar()指定这些变量以柱状图的形式展示,参数position="fill"垂直的堆叠条形图并规范其高
#度相等
ggplot(sss,aes(x=sample,y=value,fill=species))+
geom_bar(position = "fill",stat="identity")+
theme_bw()+
facet_grid(.~level)+ #设置分组;每个level水平的独立图,配置成一个单行。
scale_fill_manual(values=colors)+
labs(x="Depth(cm)",y="Relative Abundance",fill="Phylum")#添加标题
结果如下图
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GMT+8, 2024-12-26 20:02
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