绘制韦恩图需要的包是VennDiagram，可以看我之前的博客安装和加载R的包的操作，绘制的Venn图样式会如下图所示。这个包只能绘制2~5样本，就是说如下图是4个圈叠加在一起，这个包绘制的Venn图只能是最少2个椭圆圈，最多5个椭圆的。

比如你有9个样本，样本1，样本2，样本3......样本9，样本1-3是低温处理，样本4-6是室温处理，样本7-9是高温处理。可以将样本1-3求和，4-6求和，7-9求和。最后得到的就是类似下图的结果，当然这是我自己画的，数字也是我自己胡填的。

我看过多家测序公司的结果，微生物16s高通量测序结果基本都类似于下面这样，纵向为OTU，横向为你自己的样本名称。如果每个样本独立起来是没法用R作图的，而且也没有意义，可以依据你的实验处理方式进行分组。

先将数据进行整理，安你实验的分组，将上面的YC YN......划分到不同的分组中，再将相应的列求和，得到下面的结果。（将没用的行删掉）

install.packages("VennDiagram")

library(VennDiagram)

en<-read.csv("yotu_venn.csv",row.names=1)#读取csv文件，并将其赋值变量en

en<-t(en)#将变量en转置，并将转置的结果赋值给en，之前的结果会被覆盖

A<-names(en[1,])[en[1,]>0] #names（）是处理对象的函数：显示各成分的名称，en[1,]是提取的第一列，                                               #en[1,]>0是逻辑向量，整句意思是将第一列值大于0的对象的行名赋值给A

B<-names(en[2,])[en[2,]>0] 

C<-names(en[3,])[en[3,]>0] 

D<-names(en[4,])[en[4,]>0]#如果是5个分组就加一列F<-names(en[5,])[en[5,]>0]当然后面绘图的颜色也要                                              #加一个，如果是3个分组就删掉D<-names(en[4,])[en[4,]>0]，同理绘图时颜色                                              #减一个。

#绘图

venn.plot<-venn.diagram(x=list(YMCV=A,YYTV=B,CLV=C,DYV1=D),#各个分组的名称

filename ="venntu.png", #输出的图片名称

fill=c("cornflowerblue", "green", "red","darkorchid1"),

col = "transparent",alpha = 0.50,cex = 1.0,fontface = "bold",

cat.col = c("darkblue", "darkgreen","orange","darkorchid4"),

cat.cex = 1.5,cat.dist = 0.07,margin = 0.2)