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- 使用VESTA打开cif格式(通常分子会显示到盒子外边,为了清楚显示盒子边界处的情况),如果此时直接保存为xyz文件的话,则显示的所有原子都被记录在xyz文件中,那么跑MD时会出现错误。
- Edit- edit data- unit cell- molecule 可以看到是正常显示为最小单元结构了
-保存成xyz
-用vmd打开,设置盒子大小 tk控制台输入 pbc set { a b c alpha beta gamma} 回车
-继续在tk输入pbc box,显示盒子大小
-在vmd观察周期性,检查是否正确(一般都是正确的)
-转化成lammpsdata文件:tk控制台输入 topo writelammpsdata *.data (default:full / charge)
-文件输出到vmd的默认文件夹,如果不想的话可以先在tk中进入要输出的文件夹即可。
#注意检查data文件中键连,如果有金属配位的话,可能没有标出。
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GMT+8, 2024-10-19 21:41
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