下载Scaffold free viewer

Scaffold是一款可视化质谱数据分析软件，一个ID号只能绑定一台电脑的商业化收费软件，但是可以下载其免费版ScaffoldViewer进行数据解析，此文主要介绍查询二级肽段谱图功能，此软件Scaffold Viewer只能打开商业版scaffold生成的任意*.SF3文件，然后就可以对数据进行分析和查阅。

使用者可享受同商业化付费版相近的功能：比较样本，蛋白，肽段和谱图等功能，可对蛋白可信度，肽段可信度和匹配肽段或者FDR数值。

下载界面

下载网址：http://www.proteomesoftware.com/products/free-viewer/

Scaffold提供的较为全面的数据展示，并且提供详细的数据分析工具，其中查看二级谱图在蛋白窗口查看，当然还有其他窗口，数据上传窗口、样本窗口、蛋白窗口、相似度窗口、定量窗口等。

蛋白窗口（Protein Viewer）

此文主要是介绍怎样查看发表文献所需的质谱高清谱图，所以只介绍蛋白窗口相关功能，选择蛋白窗口之后，在看下图中相应3个参数的选择：分别是ProteinThreshold、Peptide Threshold和肽段最小数量。

蛋白阈值（Protein Threshold）

点击左侧选项按钮，使用者可以设置由软件提供的蛋白可信度的数值，当然还可以根据不同的FDR值进行选择。

蛋白阈值设置

独有肽段最少数目（Minimum Number of Peptides）

使用者可以设置Unique Peptide的数目对蛋白进行筛选数据，可以筛选找出可信度较高的蛋白。

独有肽段最少数目

肽段阈值（Peptide Threshold）

通过此选项进行选择，使用者可以根据所鉴定到肽段的可信度对数据进行筛选，同样也可根据相应的FDR数值进行筛选，相应的放宽或者收紧可信度区间。

肽段阈值

当根据自己需求对数据进行筛选之后，使用者可以在蛋白窗口中查找对应的信息，例如在蛋白序列选项卡中，可以看到质谱所检测的肽段序列覆盖率，以及相应的修饰位点，如下图所示。

Protein Sequence Pane

在谱图选项中，呈现出对应的鉴定肽段的质谱峰图，可以根据实验需求进行调整，并可导出相应的图片。

Spectrum tab

此图表是可以互动的，单击鼠标左键，可以看到所在位置的质荷比（m/z），持续点击左键拖拽，可以放大对应的区间峰图，然后再单击左键，恢复全部峰图，单击鼠标右键则有其他菜单功能，例如导出图片任意格式，打印图片等等功能。

此文主要简单介绍Scaffold中查看二级高清谱图功能，此软件也具有其他相关的分析功能，但是Scaffold Viewer 只能免费查看分析后的数据，任何需要.sf3文件的朋友均可找我们获取，以便更直观的查看和分析质谱数据。

原文链接

AIMS---蛋白质谱服务商，提供快速便捷的 LC-MS/MS 蛋白定性/定量检测。