CRISPR-induced exon skipping is dependent on premature termination codon mutations

GB 李占军;赖学良 吉林大学  https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1532-z

CRISPR导致的外显子跳跃（已发现的现象）是由于PTC突变导致的NAS改变（用兔子lines做的实验）。

premature termination codon (PTC) 

non-frameshift or missense mutations

cytidine base editors (CBEs) 【cytidine deaminase fused to Cas9 nickase】【efficiently inactivate genes by precisely converting four codons (CAA, CAG, CGA and TGG) into stop codons】

nonsense-mediated decay (NMD), a well-characterized mRNA surveillance system, recognizes and rapidly degrades mRNAs carrying PTC mutations 

It is also possible for nonsense-associated alternative splicing (NAS) to produce a transcript that no longer contains the PTC 

Genetic Modulation of RNA Splicing with a CRISPR-Guided Cytidine Deaminase

MC  常兴 营养健康所  https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S109727651830741X

利用修复TAM改变mRNA剪切，修复错误的阅读框，治疗相应疾病。

a CRISPR-guided cytidine deaminase (i.e., targeted-AID mediated mutagenesis [TAM]) can efficiently modulate various forms of mRNA splicing。Applying this approach, we genetically restored the open reading frame and dystrophin function of a mutant DMD gene in patient-derived induced pluripotent stem cells (iPSCs).

The rate of meiotic gene conversion varies by sex and age

NG 2016  https://www.nature.com/articles/ng.3669

年龄较大的母亲中不成比例的NCO(non-crossover)基因转换发生在双链断裂（DSB）区域之外和GC含量相对较低的区域。 这表明卵母细胞中减数分裂基因转化机制的年龄相关变化。

The continuously evolving CRISPR barcoding toolbox

GB  https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1541-y

【通过hgRNA的NHEJ修复引入随机突变，导致产生独特的条形码，其能够在时间和空间上跟踪细胞。为了证明体内细胞追踪，Kalhor等首先创建了一个携带41个不同hgRNA表达盒的基因组Founder转基因小鼠，它们命名为MARC1（用于主动记录细胞的小鼠1）。随后，他们通过将这种MARC1品系与稳定表达Cas9转基因的小鼠杂交来诱导条形码，并且在研究的最后，使用高通量测序读取条形码。】

【EvolvR系统由Cas9切口酶（nCas9）组成 - Cas9蛋白的一种变体，其仅切割靶DNA序列的一条链 - 融合成易错和切口平移的DNA聚合酶，最初是DNA聚合酶的保真度降低的变体我（PolI）来自大肠杆菌。与其他基于Cas9的效应物非常相似，EvolvR中心的nCas9-PolI蛋白可以使用sgRNA靶向特定的基因组位点，并诱导DNA缺口，然后刺激低保真合成。

虽然设计简单，但EvolvR功能多样。例如，作者证明EvolvR与具有不同程度的持续合成能力的不同聚合酶结构域相容，这为定制特定应用的诱变窗口和突变率提供了机会。这是EvolvR的一个重要特性，因为编辑窗口可以达到350 bp，理论上它可以实现比其他系统更复杂和独特的随机化。这是关键，因为条形码系统的一个重要特性是它们必须生成一个足够多样的签名池以保证唯一性，这对于追踪人类细胞意味着数万亿个条形码。如上所述，依赖于由Cas9诱导的双链断裂触发的NHEJ的随机修复结果的条形码系统产生有限的特征库，这可以通过每个细胞使用多个条形码来克服，如Kalhor等人所证明的。[2 ]; 然而，这种替代方法极大地增加了解释结果所需的计算分析的复杂性。虽然是推测性的，但EvolvR可能用于产生比自靶向CRISPR-Cas9系统大得多的条形码多样性，并通过减少必须使用的目标位点的数量来简化实验框架。】

http://www.sinospectroscopy.org.cn/readnews.php?nid=77903