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官方网站 https://docs.qiime2.org/2018.4/
中文安装帮助文档 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838
安装教程 https://blog.csdn.net/metlab_work/article/details/77920279
此处为按照教程安装的情况以及出现的问题
前期准备:
进入Ubuntu系统,保持网络畅通
过程中出现有线连接但上不了网的情况,查了许多教程,如https://blog.csdn.net/bthsky/article/details/68936048;https://blog.csdn.net/noob_f/article/details/51099040。
最后直接在虚拟机关机情况下选择“编辑→虚拟网络编辑器→还原默认设置”。
方法:
1. 打开终端,输入“sudo -s”获取root权限;输入“python -V”检查python版本
2. 安装Miniconda: 前往http://conda.pydata.org/miniconda.html下载与Python相适宜的版本: Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 或 Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh(2或3指的是python的版本)
建议安装Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,很多生物软件都向python3过渡,使用
python --version
查看自己的python版本,一般系统安装两个版本的python,默认为python2,若要修改版本,使用如下命令修改优先级:
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 150
此时再查看python的版本,已修改为python3。
若要再改回python2,输入命令
sudo update-alternatives --config python
按照提示输入选择数字回车即可。
3. 下载后,设置目录至安装包所在文件夹,输入命令“sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”(此处采用版本3,若是2的话改为2即可)→回车表示统一安装协议→空格翻到底,读完协议→输入“yes”安装在默认路径下→输入“yes”,最后选择加入路径,即可完成安装(可以尝试更改安装路径,但我没成功)
4. 关闭终端(非常重要)
5. 打开终端,输入“conda”(输出屏幕conda 的文档表示安装成功)
6. 输入“conda create -n qiime2-2017.7 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.7-conda-linux-64.txt”,将会自动安装QIIME2-2017.8版本,等待安装完成(这一步会下载很多东西,若因网络问题有下载不成功的,多尝试几次,直至全部成功为止)(下载的东西在/miniconda3/envs/qiime2-2017.8目录下)
7. 任意路径下,加载qiime2,激活工作环境,输入“source activate qiime2-2017.8”(激活成功后,每条命令行的开头都会自带一个(qiime2))
8. 测试QIIME2,输入“qiime --help”(输入后,最终返回帮助信息,表示安装成功)
9. 分析完毕,输入“source deactivate” 关闭工作环境,注意不用时关闭,不然其它程序可能会出错
或直接使用VirtualBox安装,具体见https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/74058949
http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1056168.html
此种方法更为简单,不易出错,其他实用小操作会陆续补充
双向复制粘贴的设置见https://blog.csdn.net/pan_tian/article/details/22619687
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