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由于集群上phonopy对声子谱的计算数据进行后处理出现了问题,所以我在自己的笔记本上安装虚拟机进行数据的后处理;
VMware14.0安装
链接:https://mp.weixin.qq.com/s/Rdj5AA7aVOzFDMnXeousWg
2. Vmware中安装Ubuntu18. 04.1,通过清华大学开源软件镜像站下载ubuntu
链接:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/
也可以通过Ubuntu官网下载:https://www.ubuntu.com/download/desktop
VMware下安装Ubuntu参考《Linux就该这么学》和https://www.cnblogs.com/la-fe/p/7835252.html
3. Ubuntu下安装phonopy
phonopy主要由pyhton开发,其中的找晶体空间群功能是由C语言实现, 在安装phonopy时需要安装一 以下他所依赖的包:
numpy,numpy-dev,matplotlib,python-lxml,python-yaml
在Ubuntu中我们可以直接使用命令行(不需要提前下载软件包),通过镜像资源站下载相应的软件进行安 装,linux ubuntu 下 phonopy 的安装步骤 :
首先安装:
sudo apt-get install python
sudo apt-get install python-dev
sudo apt-get install gcc #安装c语言编译包
sudo apt-get install python-numpy
sudo apt-get install python-matplotlib
sudo apt-get install python-lxml
sudo apt-get install python-yaml
安装完pyhton的依赖包后,我们需要从网上下载phonopy的源码压缩包,下载完phonopy后对phonopy进 行解压, 解压命令为: tar -zxvf xxx.tar.gz
(phonopy 下载地址https://sourceforge.net/projects/phonopy/ 版本自选)
进入解压后的目录,然后在终端输入下列安装命令:
pyhton setup.py install ( 如果提示权限不足就使用:sudo python setup.py install ),即可安装完毕,在终 端输入phonopy即可看见phonopy的大写了!
4. 我们在Ubuntu下使用sudo apt-get install xxx来安装软件时,有时候无法自动从网上下载相应的软件包,原因是系统的镜像源不适合自己系统的版本,我们需要修改系统的镜像源,具体操作如下:
参考文章:https://blog.csdn.net/weixin_41762173/article/details/79480832
清华大学开源软件镜像站:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/ubuntu/(在里面选择自己的Ubuntu版本)
记得更新完镜像后,一定要在Ubuntu终端中更新镜像源:sudo apt-get update 更新源
5. 使用phonopy和VASP计算体系的声子谱
两种方法:1).有限位移法 2).DFPT
具体方法请参考:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_17589e0920102xhp6.html http://blog.sciencenet.cn/blog-749450-754518.html https://www.jianshu.com/p/137027c1129a DFPT方法精华:https://www.vzan.cc/t/d-9809829?typeId=275508
有限位移法前处理和后处理的命令:
phonopy -d --dim="n m k"
phonopy -f vasprun.xml-{001..192}
phonopy -p band.conf
bandplot -o name.png
6. 将window系统中的文件直接拖动到通过VMware下的linux系统中
参考:https://jingyan.baidu.com/article/215817f7a1f8fb1eda1423fa.html
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