在一位作者要求对一篇已发表的论文进行大量修改后，期刊编辑审阅了该研究，发现了导致撤回该论文的“额外担忧”。

这项研究题为“Pressure regulated basis for gene transcription by delta-cell micro-compliance modeled in silico: Biphenyl, bisphenol and small molecule ligand models of cell contraction-expansion”，发表在2020年10月6日的PLOS ONE杂志上。它的唯一作者是Hemant Sarin，来自西弗吉尼亚州查尔斯顿的“转化科学和医学的自由调查员”。

PLOS ONE于3月25日发表撤稿声明：

After this article [1] was published, the corresponding author contacted PLOS ONE to request corrections. The author advised that he did not intend for [1] to be published in its current online form, and that the article should be retracted in the event that the requested revisions could not be incorporated into the published version of the article.

The requested changes involve substantial revisions to the rationale, methodology, results and conclusions reported in the article text, as well as changes to Tables 3, 6, 7, 8, 10, 11, 12, and Figs 2 and 3. The PLOS ONE Editors determined that the requested revisions go beyond what is suitable for a Correction per the journal’s editorial standards and would instead necessitate a full re-review of an updated manuscript.

本文发表后，通讯作者联系PLOS ONE要求更正。作者建议，他不打算以目前的在线形式发表，如果要求的修改不能纳入文章的发表版本，那么（作者认为）这篇文章应该被撤回。

（作者）所要求的改动包括对论文的基本原理、方法、结果和结论作出大量修订，以及对表3、6、7、8、10、11、12和图2和3作出修改。PLOS ONE的编辑认为，（作者）所要求的修改超出了期刊”Correction“所允许的修改范围，期刊需要对更新后的手稿进行全面的重新审稿。

在审查修改要求时，PLOS ONE的编辑们指出了这篇文章的其他问题，包括：没有提供选择有代表性的小分子和基因的具体科学原理，提出的问题是，提出的结果是否适用于研究的化合物以外。这些方法描述得不够详细，无法清楚地传达研究设计，并使其他研究人员能够解释结果或重现分析。

这篇文章没有报道在硅模型的充分验证来支持报道的关于基因转录调控的声明。

1. 没有提供选择具有代表性的小分子和基因的具体科学依据，这就产生了一个疑问，即所提出的结果是否适用于所研究的化合物之外。

2. 方法的描述不够详细，无法清楚地传达研究设计，并使其他研究人员能够解释结果或再现分析结果。

3. 论文并没有报道足够的在硅模型的验证来支持有关基因转录调控的报道。

考虑到这些问题，PLOS ONE的编辑确定已发表文章不符合该杂志的发表标准，并且对报道的结果和结论的有效性存在担忧。撤稿通知中，作者表示，他将“在未来提交新论文来解决这些问题”。

这篇论文的PLOS ONE学术编辑、土耳其Tekirdag Namik Kemal大学的教授Esra Bozgeyvik说，“这篇文章中的问题在审稿过程中被忽略了。”她还表示，“撤回这篇文章似乎是最好的选择，因为任何大幅度的修改都应该重新审查，而这在文章接受后是不可能的。”

当Retraction Watch问为什么在作者要求改正后才发现研究中的问题时，PLOS ONE的发言人David Knutson解释道：

PLOS的内部编辑在审查作者的更正请求时发现了撤回通知中列出的其他问题。我们很遗憾，这些问题在同行评审中没有得到充分的解决。PLOS ONE依赖编辑和同行评审人员在发表前对手稿进行批判性评估，不幸的是，在这个过程中可能会忽略科学方面的问题。

无论问题是在出版前还是出版后被注意到，我们都要跟进以确保PLOS ONE的出版物在科学上是有效的，并坚持期刊的出版标准。

参考文献：

https://retractionwatch.com/2021/04/06/an-author-asked-for-multiple-corrections-to-a-paper-plos-one-decided-to-retract-it/#more-121883